口腔溃疡的治疗以消除病因、增强体质、对症治疗为主，治疗方法应坚持全身治疗和局部治疗相结合，中西医治疗相结合，生理和心理治疗相结合。口腔溃疡常呈周期性发作，复发时间长短与口腔溃疡病史长短有密切关系。
口腔溃疡的病因复杂，存在着明显的个体差异，可能和自身免疫力或者维生素缺乏有关，局部治疗以消炎止痛防止继发感染，促进愈合为原则，可以自行贴止痛药膜，也可以局部麻醉下进行溃疡处涂药来缓解疼痛。
用消毒棉签蘸粉末敷患处，一般用药3天后恢复，将维生素C研成粉末状，若系小溃疡，仅需取少许敷于患处即可，若溃疡面较大，则应先轻轻刮除溃疡面渗出物，然后再敷药粉，用针刺破维生素E，将药液挤出涂于口腔溃疡处，保留1分钟，每日用药4次可恢复。
每个月都口腔溃疡是微量元素的缺乏，是由于营养不良或者是贫血，或者是机体抵抗力较低，尤其是女性月经期，特别容易产生口腔溃疡，或者是疱疹的症状提高自身机体抵抗力，合理膳食，并且补充维生素。
丁香能抑制细菌及微生物滋长，可用于牙科口腔治疗。取公丁香适量，水煎漱口，可以治疗牙疼、口腔溃疡、口臭等口腔问题，所以可以称为天然中药口香糖。实验证明富含1%浓度的丁香的乙醚浸出液，水浸液或含8%浓度的丁香煎剂的沙伯氏培养基，对许兰氏黄癣菌、白色念珠菌等多种致病性真菌均有抑制效果。
可用盐开水、生理盐水，也可用药物漱口液，减少口腔细菌，防止因食物残渣加重继发感染。养成良好的卫生习惯，注意口腔卫生，养成早晚刷牙、饭后即刻漱口的良好习惯。定期进行牙周系统治疗，保持良好的口腔卫生环境。
