小便的时候龟头痛是由于尿路感染或者是炎症感染导致的，可以服用些抗感染的药物，应该去做检查，找到病因进行针对治疗，治疗期间饮食上要注意清淡，否则会导致病情加重，多排尿能够促进炎症的消退。
一般情况下，尿痛、尿黄、小便有灼热感是泌尿系统感染导致的。具体情况分析如下：
典型的泌尿系感染表现为尿痛、尿黄、小便灼热，当泌尿系感染时，整个尿路粘膜的上皮处充血、水肿，导致整个尿路粘膜感觉神经外露，异常敏感。
尿液灼热和排尿的疼痛，是因为膀胱内的容量受体被激活了。尿道上皮红肿脱落，细菌和代谢废物混杂在一起，导致小便偏黄。
首先考虑是尿路感染。尿路感染的主要临床症状表现为尿频、尿急、尿痛。疼痛表现为尿道内刺痛为主。尿液颜色偏黄考虑是由于尿路感染炎症导致尿中白细胞、无机盐成分升高。可以通过尿常规检查比较容易确诊。尿路感染好发于女性，主要的致病菌为革兰氏阴性菌，最常见的是肠杆菌属。
考虑是泌尿系统感染，查个尿常规和龟头尿道口分泌物检查，确定是哪一种细菌感染再治疗。生殖器炎症引起的现象，会有局部红肿，瘙痒疼痛，严重时尿频尿急尿痛尿血的症状。
一般来说，龟头刺痛灼热考虑是龟头炎。
龟头有刺痛灼热的表现，需要考虑是龟头炎，平时要避免同房，同时要注意个人卫生，可以外用咪康唑软膏。如果是手淫导致的包皮过长，一定要及时到医院进行包皮环切手术。也有可能是生殖道感染或者是泌尿系统感染。建议尽快到医院进行尿常规检查，再进行针对性的治疗。日常生活中要多做运动。
