我认为主要取决于肾功能是否有所改变。如果囊肿的肾功能也发生了变化，要在彩色多普勒超声的定位下穿刺取囊肿。对于肾结石问题，它主要取决于结石的大小。如果小于电6公分，仍有可能将其排出。相反，我认为体外碎石术是普遍需要的。
不属于是肾结石的，但是有囊壁钙化现象就要注意了，因为有了钙化灶之后会演变成结石的，一般不需特殊处理，肾囊肿伴囊壁钙化灶可能是囊肿壁有钙质沉积造成，不需特殊治疗了，平时一定要多喝水。
如果结石较大，可以通过，体外碎石或是手术治疗肾囊肿。平时多喝水，多运动，不要暴饮暴食，饮食以清淡为主，少吃高脂肪的食物，忌食油炸食物，动物脂肪及内脏，慎食蛋黄。手术后要多注意休息。
肾结石肾囊肿囊内有钙化是肾钙化灶，钙沉积在骨骼以外称钙化灶，是疾病愈合的表现，不排除是肾结核，结石等导致的，进一步检查确诊，主要是由于肾以前发生过慢性炎症，炎症机化，钙化，这是一系列变化，如果钙化灶不大，没什么问题的，无需特殊处理，如果有肾结石按照肾结石的治疗原则进行治疗。
肾结石加肾囊肿可能严重，也可能不严重。
一般来说，肾结石可以是很重的，也可以是轻的，比如肾囊肿，如果体积很大，并不会太严重。囊肿有可能是因为囊肿有炎症，或是有很大的。一些肾脏脓疡伴有炎症，会有高烧，高达39~40℃，重则会导致感染，危及性命。肾结石由于长期的反复炎症刺激，还有一些肾结石会发展成肾癌，通常是鳞癌，但手术和其它的疗法对疗效都很低，而且愈合非常不好，因此肾结石合并肾囊肿并不是很严重。这种疾病要看患者的具体病情，如果出现了肾结石或者肾囊肿，一定要到正规的医院泌尿外科进行检查。
一般情况下，肾结石引起的炎症不会造成肾囊肿。具体分析如下：
通常来讲，肾结石引起炎症后，形成的临床后果以肾积水为主。而肾积水和肾囊肿存在明显区别。泌尿系统的梗阻、狭窄、畸形等是造成肾积水的主要原因，使肾脏产生的尿液不能够通过输尿管排出体外。而肾囊肿主要是由于肾实质所分泌的液体不能够被及时的吸收，在肾实质的局部形成潴留造成的。对于这两种不同病症，其治疗方式和治疗策略也会有明显区别。