一般来说，心内膜炎可以通过以下两种方法进行治疗。
一、一般治疗，患者应该保持良好的心态，避免辛辣刺激的食物，同时应该避免剧烈运动和过度劳累，有助于改善心内膜炎患者的不适症状。
二、药物选择致病菌不明确者，可选用内酰胺环类及氨基苷类抗菌素。上述药物可以用于革兰氏阳性的细菌，也可以用于革兰氏阴性杆菌的感染。
一般情况下，亚急性心内膜炎可以采用以下方式进行治疗：
亚急性感染性心内膜炎常在风湿性心脏病及先天性心脏病的基础上发生。患有亚急性心内膜炎，患者可以在医生指导下使用氟康唑、酮康唑等药物进行治疗。病情比较严重的时候，患者还可以采用外科手术的方式进行治疗。平时注意休息，不要过度劳累，不要食用辛辣刺激的食物。
感染性心内膜炎指因细菌、真菌和其它微生物直接感染而产生心瓣膜或心室壁内膜的炎症，有别于由于风湿热、类风湿、系统性红斑性狼疮等所致的非感染性心内膜炎。感染性心内膜炎典型的表现有发热、杂音、贫血、栓塞、皮肤病损、脾肿大和血培养阳性等。
亚急性心内膜炎治疗首选足量足疗程应用相关的药物，用药疗程要长，一般要六周以上。出现亚急性的心内膜炎症状考虑可以用营养心肌的药物同时，注意休息，吸氧治疗，要减轻心脏的负担的，需要定期抽血检查心肌酶谱。
感染性心内膜炎一旦确诊之后，首先要用抗生素药进行抗菌治疗，比如常见的青霉素或者是氨基糖苷类药物，若治疗无效可采用杀菌剂，比如头孢菌素。这种疾病病情比较长，所以说在治疗期间要坚持用药，做长时间改善不了，或者发生了难治性心力衰竭，可以做手术。
通常来说，感染性心内膜炎赘生物的治疗是药物治疗、手术治疗。
感染性心内膜炎可能导致心脏瓣膜破裂、穿孔、腱索断裂、心肌脓肿等，所以要根据血液培养和药物敏感性试验选用敏感的抗生素。当抗生素治疗无效的时候，肿瘤在使用抗生素时体积变大，二尖瓣赘生物超过10cm，或肿瘤在二尖瓣关闭边缘时，应及早进行外科手术。