胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
到医院做胶囊胃镜价格大概在500到1000元左右。
一个是普通的胶源囊胃镜国产的大概是在500块钱左右，进口的胶囊胃镜检查一次大概是在1000元左右。所谓的胶囊胃镜主要是口服像一元硬币大小的胶囊，吞咽来之后，通过重力作用配合肠胃蠕动，经过整个消化道，观察肠道内壁粘膜的病情变化。这种胶囊胃镜主要是针对小肠的病变，有很大的意义，如果是磁控胶囊胃镜，一般检查胃的方面也是可以的。
胶囊内镜检查一般在三千元以上，不同的医院由于内镜的品牌以及材质的不同，收取的价格也不太一样，建议患者可以到所检查的医院详细咨询。
胶囊内镜是近年来逐渐成熟的一种消化道检查方法，具有操作简单，患者只需要吞服一颗胶囊，没有痛苦不适，安全卫生，视野清晰等特点。目前越来越广泛的应用于临床，适用于各种胃肠检查，但是价格较普通胃镜来说比较昂贵，建议患者根据自身情况合理选择。
胶囊胃镜是目前国内比较先进的一种检查方法，大概的费用是4千-6千块钱左右。
以下为一般公立医院收费参考：胃镜分为普通胃镜和无痛胃镜，如果是普通胃镜，加上胃镜前的检查、胃镜的检查，再加上麻药的钱，一般情况下是在500块钱左右。所说的标准是一般综合性的三甲医院的标准。如果是做无痛胃镜，在胃镜的基础上，还要加麻醉的钱以及监护的钱，大概在一千三四百块钱左右。