大于6mm的肾结石，需进行手术干预或者体外碎石治疗。治疗方式需结合结石的大小位置、肾功能情况而定。如果结石合并肾脏积水、肾盏积水，或者出现腰痛症状，需进行积极的体外碎石或者手术干预治疗。
小于5mm的输尿管结石，90%成年人可自行排出体外，大于6mm的肾结石，需进行手术干预或者体外碎石治疗。要多喝水，多运动，喝水可以稀释尿液，避免形成结晶，可以避免形成结石。每天喝水一定要超过2000ml，不要吃含草酸高的食物。
一般肾结石0点6厘米以下的结石，多运动、多喝水，辅助排石药物，多数能自行排出，0点6-2厘米的结石体外碎石，2厘米以上的结石，一次碎石不干净，反复碎石可能会对肾脏造成潜在损害，一般不主张碎石治疗。
结石小于0.6cm，光滑，无尿路梗阻、无感染，可先使用保守疗法。直径小于0.4cm，光滑的结石，90%能自行排出。超过0.6cm的结石，可以体外冲击波碎石通过X线或B超对结石进行定位，利用高能冲击波聚焦后作用于结石，使结石裂解，直至粉碎成细砂，随尿液排出体外。
肾结石如果大于零点五需要采用手术。手术分为四种方式：体外冲击波碎石、输尿管肾镜取石、经皮肾镜取石以及开放手术。选择何种手术方式，与患者结石大小以及部位有关系。
肾结石是小于0.6厘米以下的可以采用药物排石，大于0.6厘米以上的大部分都采用冲击波碎石或者是手术切开取石，肾结石的病人，平时一定要多喝水，每天的饮水量要在3000毫升以上，而且要少吃含草酸盐高的食物。