一般情况下，亚急性心内膜炎可以采用以下方式进行治疗：
亚急性感染性心内膜炎常在风湿性心脏病及先天性心脏病的基础上发生。患有亚急性心内膜炎，患者可以在医生指导下使用氟康唑、酮康唑等药物进行治疗。病情比较严重的时候，患者还可以采用外科手术的方式进行治疗。平时注意休息，不要过度劳累，不要食用辛辣刺激的食物。
亚急性心内膜炎治疗首选足量足疗程应用相关的药物，用药疗程要长，一般要六周以上。出现亚急性的心内膜炎症状考虑可以用营养心肌的药物同时，注意休息，吸氧治疗，要减轻心脏的负担的，需要定期抽血检查心肌酶谱。
亚急性感染型心肌炎时，以草绿色链球菌为主，肠球菌、牛链球菌、表皮葡萄球菌是引起自体瓣心内膜炎的主要致病菌。有些是罕见的，例如真菌，立克次体和衣原体。肠球菌、革兰阴性杆菌、葡萄球菌、球菌是人造心脏疾病的主要致病因子。在静脉药物成瘾者中，以金黄色葡萄球菌最多，链球菌次之，革兰阴性杆菌及霉菌最多。具体的治疗方式需要遵医嘱，不要延误治疗。
亚急性感染性心肌炎中，最常见的是草绿色链球菌，D组溶血性链球菌（D-)，其中牛链球菌、肠球菌、表皮葡萄球菌比较常见，其它的都是罕见的。因多种传染病或微生物累积而造成的皮肤上的外伤，通常会引起暂时的菌血症。口腔外伤，多见于青霉素杆菌。胃肠道及泌尿路的感染及感染，通常会导致肠内球菌及格兰氏杆菌产生菌血症。
亚急性感染性心内膜炎的治疗方法主要有药物治疗和手术治疗。
亚急性感染性心内膜炎一旦确诊，早期应用足量的敏感抗生素是必要的，对患者全身症状或并发症的治疗也是必要的。
近几年还有外科手术。其主要治疗方法是使用靶向抗生素杀灭病原微生物。前期经验用药，后期要根据致病菌来调整。
治疗后体温恢复正常、脾脏缩小、症状消失者，在抗生素治疗结束后第1、2、6周进行血培养治疗。如果临床无复发，血培养阴性，可考虑治愈。
通常情况下，亚急性感染性心内膜炎是由细菌、霉菌及其它微生物所致。在进行抗生素治疗的时候，要注意进行细菌培养，选用敏感的抗菌药物。
对于亚急性感染性心内膜炎，如果使用抗生素无效，可以选择两种敏感的抗生素，例如氨基糖苷类和青霉素，或者连续口服头孢曲松片进行治疗，可以对草绿色链球菌的心内膜炎有很好的疗效。