膀胱结石的最佳治疗方法大体上两类，一类为手术取石，一类为非手术碎石，其中手术取石即传统的耻骨上膀胱切开取石术，另一类的非手术碎石则又可分为膀胱镜机械碎石大力钳碎石、液电效应碎石、超声碎石、弹道气压碎石等。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，它可以直观、直接的碎石；可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如说尿道狭窄、前列腺增生。目前使用较多的是钬激光碎石术：一个是可以治疗结石；第二个可以治疗引起结石的其他的疾病，如尿道的狭窄、前列腺增生等情况。
膀胱结石外科治疗的方法包括内腔镜手术、开放性手术和体外碎石术。内腔镜的治疗：经尿道膀胱镜结石的治疗方法是目前治疗膀胱结石主要的方法。方法的优点，可以直观、直接的碎石，可以同时处理下尿路的梗阻性疾病，比如，尿道狭窄、前列腺增生。
可以通过彩超检查判断膀胱结石的大小。如果膀胱结石比较小，有机会经过尿道排泄，可以辅助药物比如排石颗粒，另外就是多喝水，如果膀胱结石较大，可以考虑膀胱镜取石处理。
膀胱结石的治疗以手术治疗为主，同时进行病因治疗、抗感染及对症治疗。手术的方法分为微创及开放手术两种类型。微创手术是经过尿道把碎石器械放到膀胱内，进行碎石，并把结石取出。