肾结石使用体外冲击波碎石时，对肾脏存在轻微的伤害，所以不能长时间进行体外冲击波碎石，否则可能会引起肾单位缺失或者肾脏纤维化，甚至造成肾功能衰竭等。在碎石的频率上不能过于时间集中的进行碎石，至少要间隔7天以后才能进行第2次碎石，而且反复碎石的频率从原则上尽量不要超过4次，如果碎石超过4次以上结石没有任何变化，不建议再继续碎石，建议采用其它方式。
体外碎石是现在比较常见的一种治疗结石的办法。不会对身体有什么伤害，术后多加调养就可以。肾结石是常见的泌尿系统疾病。一般结石较小，可以大量饮水促使结石排出体外。结石较大就要通过治疗来去除结石。
主要就是肾脏的损伤。这一般都是因为结石体积比较大，直径超过两厘米、质地比较硬、多次碎石导致的；另外就是肾脏碎石后出血，这一般是因为反复多次碎石，两次碎石时间相隔太短，少于两周导致的；最严重的危害就是感染，这一般是因为结石本身已经导致梗阻，肾脏有感染，碎石导致细菌入血，引起败血症、脓毒血症问题，严重的有生命危险。
血尿，血尿有可能是碎石的过程中，损伤泌尿系的黏膜所引起的这种无需特殊处理。碎石的过程中可能会引起肾绞痛。如果在碎石的过程中，石头无法完全排出，堆积在输尿管内就会形成石街，有时会继发感染。
一般情况下，肾结石用体外碎石对肾可能有伤害有影响，但这种伤害通常能被修复，具体内容如下：
如果患者患有肾结石，采取体外碎石可能会对肾造成不同的损害，不过这些损害通常会在短时间内自行修复。目前临床上普遍认为，体外碎石导致的伤害主要是血尿，主要表现为肉眼血尿，这是因为在进行体外碎石时，结石被打碎后会对周围的细小血管产生伤害，但这种损伤通常会1-2日后痊愈，不会对肾脏功能产生永久的损害。此外，体外碎石后可能会导致肾脏肿大、肾脏血肿，但这种伤害通常比较轻微，大部分都会自行恢复，不会对肾脏功产生影响。
一般0.6~2cm的肾结石可以采用体外碎石和内窥镜取石治疗，2.0cm以上的肾结石可以利用经皮肾镜结合激光碎石技术治疗。这些治疗方式都是治疗肾结石比较常用的治疗方法，并且治疗效果也好。