严重灰指甲可以使用指甲锉去除病甲，外用药物消毒，直到新甲生成，同时还需要外用抗真菌软膏，严重还需要口服抗真菌药物，灰指甲的原因是由于真菌的不断繁殖感染引起的，因此应采用杀真菌的方法进行治疗。在治疗一周左右后会有显著改善。为了治好甲真菌病，有必要坚持服药和护理。
如出现灰指甲的类似症状，建议患者前往医院就诊明确是否感染灰指甲，待明确病情后，如确认灰指甲可在医生指导下外用抗真菌药物进行治疗，例如亮甲复方聚维酮碘搽剂。
灰指甲是真菌引起的甲部病变，具有传染性，治疗时以应用抗真菌药物主要，若发现指（趾）甲上因感染灰指甲而出现的白色或黄色的斑点，可外用亮甲复方聚维酮碘搽剂进行治疗，在使用前可磨掉厚实的病甲甲板，再涂抹药物，药物成分可渗透至甲下组织，起到杀灭真菌、抑制真菌再生的作用。但需注意的是，由于灰指甲的病程较长，患者需足量足疗程用药，以免真菌残留，导致病情复发。
是由于真菌感染引起的疾病，具有较强的传染性，所以应口服抗真菌药物治疗，创造一个无菌的环境，并杀灭体内真菌，采用泡脚修甲、或使用穿透性较强的外用药外敷，不要随意拔除倒刺。
小孩灰指甲是由真菌感染引起的，是由指甲与甲小皮的连接处引起的。小孩灰指甲一般不适合治疗，因为服用治疗灰指甲的药物会对肝脏造成一定的刺激，如果给小孩服用了，会影响到小孩的成长和身体健康，可以使用硝酸舍他康唑乳膏或足光散浸泡脚部，这样可以起到一定的抑制作用。当小孩年龄超过16岁时，可以服用特比萘芬片或伊曲康唑片，持续服用3-6个月后，灰指甲的变化就会消失。
脚上大拇指长灰指甲了应该做个真菌镜检，明确诊断，如果是的话，需要口服抗真菌的药物治疗。用药前查肝功，肝功能正常之后再服用，注意鞋袜的卫生消毒，保持脚部干燥。不要混穿鞋子，防止出现传染。另外出现疼痛还要注意是否有炎症发生，应该就医检查一下，在医生指导下进行治疗。
得了灰指甲，首先要和人做好隔离，真的会传染给其人的，戴手套：做家务时，应戴手套，尤其是洗碗、洗衣等接触化学洗剂时。如果将手浸泡于过量的肥皂水中，可能引起指甲松弛。水使指甲膨胀，当指甲脱水干燥后，又容易收缩，导致指甲松动及易碎。