肥厚性疾病的处理相对困难，以不一定能根治为主。
肥厚性心肌病以改善症状为主，降低并发症，防止猝死的发生，其中，药物治疗为肥厚性心脏病治疗提供了依据，以流出道梗阻为治疗目标的药物包括β受体拮抗剂，非二氢吡啶类钙通道阻滞剂等。当存在心衰时需针对心衰进行药物治疗，在伴有房颤的情况下，需给予抗凝治疗。对胸闷不舒服患者，应用硝酸酯类时，应引起重视，要排除外流道梗阻，以免用了以后加重病人的病症。非药物治疗以手术为主，酒精室间隔消融术为辅，及起搏治疗，对现在的病人普遍建议酒精室间隔消融，但还需结合适应症而定。
肥厚性心肌病需根据具体病症进行治疗。
肥厚型心肌病一时之梗阻性肥厚型心肌疾病，针对该病的治疗，可以选择药物保守治疗，常用的药物有纠正心衰的药物、逆转心室重构的药物，例如β受体阻滞剂等。梗阻型肥厚性心肌疾病比较危险。因为梗阻往往会出现低血压、恶性心律失常、心绞痛等症状。如果心排血量受阻，会导致机体供血不足，脑供血不足，冠状动脉供血不足，这是非常危险的。一般都会选择无水酒精消融，这样可以减轻梗阻，从根本上治疗。
对于没有明显的临床表现，没有明显的临床表现是可以不必进行治疗的，这是由于病人的生命中没有明显的表现。若病人有临床表现，并有可能是因此病所致，可以服用美托洛尔，服用美托洛尔片；若病人的病情没有好转，可以转而使用维拉帕米。同时伴有心脏功能不全的病人也可以使用呋塞米片利尿；同时出现心律不齐的情况下，可以口服氨碘酮来提高心率。
肥厚性心肌病一般主要表现有呼吸困难、晕厥、心绞痛等症状。
肥厚性心肌病是一种原发性心肌病，检查时能够在心尖、胸骨左等部位，或者在第三、四肋间听得到粗糙的、收缩期的喷射样杂音。肥厚性心肌病发病一般可呈家族性或者散发性。大多数患者治愈后效果比较好，但如果患者出现左室流出道的梗阻，那会增加发生猝死的可能性。
出现不适时建议及时就医。
一般情况下，肥厚性心肌病首选β受体阻断剂比如美托洛尔、比索洛尔、拉贝洛。
此外，也可以用非二氢吡啶类钙拮抗剂以及ACEI或ARB类的药物来治疗。尔等，通过负性肌力及减慢心率作用，增加心脏回心血量，如果梗阻型肥厚型心肌病合并有心律失常，易导致猝死或卒中，可以加用抗凝药如利伐沙斑等。禁用硝酸甘油及洋地黄类药物。
目前临床上缺少肥厚性心肌病的专用药物。
贝塔阻滞剂是首选的一线用药，如果患者不能耐受贝塔组织剂，或者有禁忌，可以选择钙离子拮抗剂。如果是肥厚型梗阻性心肌病，钙离子拮抗剂会增加流出道阻塞，尤其是在心功能不全时，可以服用洋地黄制剂和利尿剂，可以增强心肌收缩能力，降低血容量，增加心室梗阻，如果心塞时有快速十率的房颤，可以选择洋地黄，也可以选择利尿药物，同时要注意缓解肺淤血，配合贝塔受体阻滞剂、钙拮抗剂等。