内在因素：部分患者先天性钙代谢异常，比如草酸代谢、枸橼酸代谢异常；遗传性疾病使胱氨酸排泄障碍，对尿酸的代谢可有异常；特殊疾病如痛风，尿酸代谢异常，可产生尿酸结石；水的摄入不足可导致代谢异常，溶质无法通过尿液排出体外；外在因素：解剖结构异常，如有梗阻、感染的情况，可导致结石；医源或其他因素引入异物，在泌尿系统中形成成石的因子；药物引起结石等。
输尿管结石是喝水过少又没有运动量造成的，输尿管结石的病人，也有可能没有任何临床症状，只有通过泌尿系统彩超才能发现。如果结石较大或者是在小便的过程中出现了下滑坎顿时，病人会出现下腹部以及腰部疼痛。
体内出现结石主要是由于不健康的饮食习惯，如过食肥肉、动物内脏、煎炸食品导致胆固醇、脂类在体内堆积会引起结石的形成。另外，熬夜、抽烟、饮酒、饮食不规律等也会导致结石的产生。
引起肾结石的原因很多，常见的是由于饮食的原因包括喜欢吃些豆制品，动物内脏，海鲜，喝水比较少，排尿比较少，都容易引起结石，尿路感染反复也容易引起结石。出现肾结石不要太紧张焦虑，一般的1cm左右的结石可以通过口服排石药物，促进结石得排出的。
外界因素和内在因素，外在因素包括环境因素，如气候，水质，以及社会因素，内在因素包括遗传因素，即有明显的遗传性和家族史，饮食习惯，如长期食用高草酸钙类或者高嘌呤的饮食。
胆囊结石可能是以下原因引起的。
胆囊结石是由多种原因造成的，不管是什么原因造成的，都会导致胆汁的酸性、胆固醇的代谢紊乱，从而导致胆汁在胆囊内沉积，从而导致胆囊内的结石。肥胖、长期暴饮暴食、高脂肪、高蛋白饮食、高脂血症、糖尿病、胃肠道手术、肝硬化等都属于高风险的危险因子。另外，一些年轻人因为不喜欢吃早饭，导致胆囊中的胆汁滞留太久，导致了胆囊结石的发生。
