肾结石的形成病因至今尚不清楚，可能与遗传，体质，基因以及病人的生活环境，饮食习惯有关。
理论因为是体内肾盏形成斑块，所以尿中的钙离子、草酸根离子含量过多、过饱和而被吸收到尿中形成草酸钙结晶并粘附于斑块表面。最后因尿液中沉渣结晶、长时间粘附而引起体积不断增大，于是就形成了结石，于肾盏中称肾盏结石、于肾盂中称肾盂结石、合称肾结石、多为肾结石的理化成因。
肾结石一般是由尿液中的物质在肾脏中积累形成的。
肾结石有一定的病因，例如输尿管狭窄阻塞性阻塞等。有的患者会患上某些基本的病症，比如说患有痛风的患者会出现肾结石，而甲状旁腺机能亢进的患者也会出现肾结石。还有的患者由于日常生活中的不良生活方式和饮食方面的原因，比如经常饮用少量的饮水的患者会出现肾脏结石。另外，在日常生活中，如果经常吃含有结石的食品，很有可能会引起肾结石。
在吃完饭以后两小时左右，在牙颈部会形成获得性薄膜，然后会有口腔内的细菌附着在薄膜上，慢慢的细菌分泌因子，使得细菌附着在薄膜上更加牢固，细菌周围还有食物残渣，随着时间的推移，在软垢上会有钙离子沉积，慢慢的就形成了牙结石。
结石的形成主要是和异物的刺激以及局部的炎症而引起，在治疗上首先需要看是哪个位置的结石，如果是胆囊结石，经常反复引起胆道炎症，可以做胆囊切除手术治疗。如果是泌尿系统形成的结石，可以做碎石手术。
肾结石的形成包括年龄，性别，饮食，生活习惯等，大致可以分为三个原因，第一个原因就是尿液中成分发生改变，比如尿中草酸的含量，钙质增加导致肾结石的发生，再一个，就是一些药可以导致肾结石的发生，比如磺胺类，激素类药物等，可以促进肾结石的形成，再有的就是一些先天性的因素，比如肾盂输尿管连接部狭窄等，先天畸形导致尿流不畅，也可以导致肾结石的发生。另外泌尿系感染可以促进结石形成。
导致结石疾病发生的因素有许多，比如一些药物，常见的有口服避孕药，雌激素等，还有长期不吃早餐，饮食不当，喜欢甜食，爱静不爱动，或者一些炎症疾病等都会引起结石疾病的发生。有了结石也不用紧张，一般小的结石只要保持良好的生活习惯，多饮水就可以排出体外。