胶囊胃镜的缺点有以下几点：
一、胶囊胃镜在部分胃肠道蠕动快时，所拍摄的照片减少，会漏掉部分的病变；
二、胶囊胃镜就能发现胃肠道的病变，但是并不能取这些组织进行活检；
三、胶囊胃镜会因为胃肠道狭窄，或胃肠道蠕动慢等情况，滞留在胃肠道内，需要行外科手术取出来。
四、胶囊胃镜属单纯筛查性检查，若怀疑小肠病变，可以做胶囊胃镜检查，但小肠病变较隐蔽，存在漏诊几率。
通常来说，胶囊胃镜不能检查肠。
胶囊胃镜通常用于检查胃部，有助于诊断胃炎、胃溃疡等疾病，不能检查肠，如果确诊为胃炎，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有胃炎宁颗粒、胃乐新胶囊、胃康灵胶囊等；如果确诊为胃溃疡，建议在医生的指导下使用药物进行治疗，常用的药物主要有盐酸雷尼替丁片、兰索拉唑肠溶片、泮托拉唑钠肠溶片等。
胶囊胃镜检查与普通胃镜比较并不精确，易漏检病灶，患者要根据病情结合医生意见选择更合适的检查项目。
胶囊胃镜对胃部环境有较高要求，应确保胃内环境绝对清洁，制备需更加精细，经口腔吞入食道，胃中，然后用磁控或电控观察部位，通常存在不同程度病变漏诊。并找到病变组织不能用胶囊胃镜取出病理检查。再者胶囊胃镜的成本相对较高，不适用于普通家庭。
胶囊胃镜的检查费用大概在2500元-3000元左右一次，相对于普通的胃镜价格要高出很多，对于普通的胃部检查，使用电子胃镜检查，费用相对较低些。胶囊胃镜主要是用于检查小肠部位，因为小肠比较难于进行插管检查。胶囊胃镜的优势在于病人不会感到痛苦，只需服用一粒胶囊，然后医生会利用外部磁场来控制胶囊对病人进行检查。
胃肠造影和胃镜一般不一样。
胃肠道造影术和胃镜是有差别的。胃肠造影术主要是在检查食管、胃、十二指肠、小肠、结肠等处的病理，同时也可以观察到消化系统的炎症，肿瘤的病变，胃肠的动态。但是这种方法不能直接看到胃肠道的粘膜。胃镜是把胃镜插入到食道，胃，十二指肠等处，通过对胃镜的观察，可以明确的诊断出哪些地方有无炎症、溃疡、肿瘤，但是胃镜无法检测到小肠和结肠，所以只能通过上消化道来进行，而通过胃镜也无法确定食管和胃的动态状态。
一般情况下，内镜和胃镜不一样，内镜包括胃镜，具体内容如下：
内窥镜是由胃镜组成的。内镜是一个广义的名词，它包含了十二指肠镜、十二指肠镜、小肠镜、纤维支气管镜等。胃镜包括喉镜、食管、贲门、胃、十二指肠，可以在视觉上进行胃镜的检查。根据不同部位的情况，采用不同的内窥镜方法，能获得最好的效果。如果患者身体出现了不适症状，可以通过内镜或胃镜明确具体病因，并积极进行治疗。