一般情况下，隐性肥胖性心肌病，主要是由彩色超声、MRI等检测结果诊断为肥胖性心肌病，但一般不会出现明显的临床表现，这些患者一般不会出现明显的运动后胸闷、呼吸困难等表现。因为这些病人的平均寿命都很接近普通人，因此需要密切的关注，并经常进行心电图、心脏彩色超声、MRI等，并注意心室肌肥厚的改变，并注意是否出现了其他的临床表现。若没有明显的临床表现，应持续进行严密的随访；若病人有明显的工作呼吸障碍，可用倍他乐克等药物进行处理；若病人有心脏功能不全，应使用抗心衰的药物；若有心室颤动，应使用抗心衰药物，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
一般情况下，对于肥胖型心肌疾病，药物疗法是最基本的，但后期肥胖型心肌病会导致心力衰竭和房颤，因此需要使用血管紧张素转换酶抑制剂、倍他受体阻断剂、强心利尿药等抗心衰的药物；如果出现了房颤者，可以通过使用氨碘酮和倍他受体阻滞药来降低心律失常，降低患者的心跳，降低患者的心脏功能。对于肥胖性心肌疾病，在晚期采用药物是不能有效的，但对于伴有较重的流道性阻塞患者，建议采用外科手术进行室间切开。不能做外科治疗的病人，可以通过经皮穿刺将无水乙醇注射进腔内，形成室腔内的缺血性坏死。晚期心肌炎的病人，在使用药物或房室隔手术后，均无法达到理想的疗效，此时应考虑进行心肺移植手术。
一般情况下，非阻塞性肥胖型心肌病多是没有任何临床表现的，由于肥胖性心肌病是导致年轻人猝死的重要因素，所以要尽量做到劳逸结合，生活中要注意调节自己的心情，不要过于兴奋，如果病人有心悸、疲劳、心前区疼痛等情况，可以服用美托洛尔片、普萘洛尔片等，如果效果不好，可以服用维拉帕米片、地尔硫酸片，有较好的治疗效果，建议患者在医生的指导下使用药物进行治疗，以免对身体造成不良影响。
梗阻性肥厚型心肌病主要是药物治疗。
梗阻性肥厚性心肌病是肥厚性心肌病类型之一，表现在静息下左心室流出道和主动脉峰值压力阶差超过或等于30毫米汞柱的梗阻性。目前对该病的病因及发病机制尚未完全清楚。它的治疗指南建议应用β受体阻滞剂以减少血流，减轻流出道梗阻的压力。在临床工作中，β受体阻滞药常被用于高血压和心力衰竭等疾病。如果对β受体阻滞剂不能耐受或存在禁忌症者，可考虑服用维拉帕米等钙离子拮抗剂来改善症状。对无明显心律紊乱者，可选用非选择性血管紧张素转换酶抑制剂如卡维地洛。但对压力阶差的严重增大，或伴重度心衰，窦缓者慎用维拉帕米，亦可考虑手术治疗。对心功能不全患者来说，需要同时应用其他抗心力衰竭药物才能有效地控制心脏功能。
需要注意的是，具体用药应在专业医师的指导下进行。
通过药物治疗和手术治疗，目的是缓解症状和控制心律失常，药物治疗效果不好就手术治疗，肥厚性心肌病为心室肌肥厚，典型者在左心室，以室间隔为甚，偶尔可呈同心性肥厚，左心室容积正常或者减小偶尔病变发生与右心室。
梗阻性肥厚型心肌病考虑与遗传有关，治疗分药物治疗和手术治疗。主要有以下治疗，药物治疗首选β受体阻滞剂，如美托洛尔，以减慢心室率改善梗阻症状。可以做肥厚梗阻心肌的外科切除术。应避免应用洋地黄制剂，对该疾病有效性尚不明确也应慎用，硝酸酯类药如硝酸甘油因扩张外周小静脉，导致回心血减少加重梗阻应避免使用。如果合并猝死风险且ICD指征明确应在安装植入式心律转复器预防猝死。