大多数人群感觉肠镜更为难受一些。
肠镜检查的时间较长，且检查过程前需要灌肠，检查中腹胀、腹痛的症状也相对比较明显，所以肠镜检查可能较难受一些。如果是做无痛的肠镜和胃镜，通常不是特别难受的，而且在做肠镜和胃镜检查的时候，一定要空腹检查，因为空腹检查才可以保证检查结果的准确性，而且还能避免检查过程中出现呕吐。
建议：平常应注意保护好胃肠健康，定时适量吃饭，少吃刺激性的食物，不喝酒不抽烟。
做肠镜检查时管子是从病人的肛门部位伸进去的，在伸入时，出了羞耻以外，病人还会产生明显的便意，会想排便，肚子胀得难受。在管子进入拐弯的点时，还会感觉到肚子痛。做胃镜检查时管子是从病人的嘴里插入的，病人会觉得恶心，想吐，窒息，喘不上气。在做胃镜检查的过程中，病人常常忍不住的流泪，流鼻涕，流口水。
当肠镜进入肠道内可能会引起腹部胀迫感及有大便的感觉，这种现象一般是正常的，不会感到很难受，病人可深呼吸以便放松自己来改善症状，一般检测完毕，症状就会消失。肠镜的检测作用是用来排查不明的下消化道出血、慢性腹泻、排便异常等患病原因，以及大肠息肉、肿瘤出血等病变程度的观测。
一般来说，胃镜的检查痛苦相对较重，具体分析如下：
随着医疗技术的发展，现在胃镜和肠镜的检查均可进行无痛操作，也就是在麻醉的状态下对患者进行检查。患者并不会出现明显的不适感。也就不存在肠镜和胃镜哪个更难受的情况。但是如果采用常规的肠镜和胃镜检查，因为没有麻醉和检查方式不同的原因，胃镜的检查痛苦相对较重。
相比较来说，胃镜的刺激比肠镜要稍微大一点。
胃镜和肠镜都是临床上常用的消化道内窥镜检查，胃镜检查通过下咽和食管进入胃，观察食管和胃的粘膜，是否有糜烂、胃炎、穿孔和梗阻，肠镜检查是通过肛门将一面镜子放入肠内，观察肠的粘膜，由于人体咽喉和胃的肌肉对刺激反应强烈，粘膜中的神经比肠中的丰富，所以胃镜的刺激大于肠镜。但大多数刺激都在可忍受的范围内，疼痛感较少，只是照的时候不能说话。
但肠镜的前期准备工作比胃镜难受很多，因为做肠镜需要喝泻药，不停地拉肚子直到拉水位置，到了照的时候由肛门进入也是比较难受的。