首先要月经干净后三到七天内，如囊肿直径小于5厘米，又无证据提示肿瘤的话，多为功能性囊肿，可以密切随访，即2－3个月检查一次，以后再根据情况调整检查间隔时间，若囊肿直径大于5厘米，则多为卵巢肿瘤，一般需要手术治疗。
卵巢囊肿大于五厘米后，是需要手术的。卵巢囊肿切除术，年轻者多采用此种术式，而尽可能保留正常的卵巢组织。输卵管卵巢切除术，年龄较大或绝经后者，可行行一侧或双侧输卵管卵巢切除术。
卵巢囊肿没有超过4.0以上，可以考虑用保守治疗的方式。如果大于4.0了手术治疗比较好，有卵巢囊肿的女性最常见的症状就是小腹部有硬块，阴道不规则出血，小腹疼痛等。所以确诊后积极的治疗，平时多注意局部卫生，治疗期间不要有性生活。
轻微的卵巢囊肿通常不需要治疗，当囊肿大于5厘米就需要手术治疗。治疗卵巢肿瘤，以手术治疗为主，如果有生育要求，可保留部分卵巢组织，外用药物效果不大，建议尽早手术治疗，目前治疗卵巢囊肿的手术有腹腔镜，只要在肚子上打几个孔，就可以将手术完成。
卵巢囊肿一般体积大于四五公分以上，同时伴有疼痛，腰酸，肚子坠胀不舒服的情况应该手术。目前卵巢囊肿的手术分为两种方式，一种是开腹传统的手术，还有一种是目前需要腹腔镜下做的，相对来说腹腔镜属于微创，是不需要开刀，只需要在肚子上打几个小眼就可以做了。
