不良习惯的改正。导致精子畸形率高的原因中，与不良生活习惯相关的还是蛮多的。为了精子的质量，要做到戒烟戒酒、适量运动、不穿紧身衣、远离高温环境、远离辐射环境、多吃新鲜蔬菜水果等。
可根据引起畸形精子的原因，消除不利因素，针对病因进行治疗。由生殖道感染引起者，可进行抗炎治疗，由内分泌异常所致者，则给予内分泌功能调整，对精索静脉曲张者，应考虑手术治疗。
精子畸形率97%的情况下可以尝试自然生育。正常男性一次射精数亿，可能会出现部分畸形精子，但是正常精子数量还是很多的。精子进入阴道后，会经历一段优胜劣汰的自然规律，比如宫颈管粘液的拦截，白细胞的吞噬等，所以有些畸形精子在到达输卵管之前就会被淘汰掉，只剩下正常形态的精子，从而形成正常的受精卵。患者可以尝试进行生育。
男性精子畸形率高，是造成不容易怀孕的原因之一，应该检查一下造成精子畸形率高的原因，根据病因进行系统的治疗。精子质量不好，可以口服点药物调节，调理期间养成规律的生活习惯，避免睾丸局部高温。
可以在医生的指导下，服用药物，具有一定的促精子发育的作用。如果效果不好，可以做精子的筛选。如果精子的畸形率过高，对怀孕的几率有一定的影响，即便是同房后怀孕，也容易出现胚胎发育不好情况的。