囊肿比较小，而且没有出现异常的症状，可以采取药物治疗，但是药物治疗的效果比较差，所以要进行定期的检查。如果囊肿已经出现了压迫周围组织或者是器官的，要采取紧急手术治疗。
患有尿道口囊肿与机体免疫力低下和内分泌失调直接相关，可导致免疫力下降和局部尿道口扩张，从而引起感染。在正常饮食中，患者应该多吃蔬菜、苹果、香蕉、葡萄、西红柿、绿豆芽、胡萝卜，少吃油腻、油炸、腌制和烟熏的食物。膀胱切除术通常被用来治疗这种疾病。
尿道口囊肿是先天性病变被认为是由包皮从龟头上分离出现障碍或者尿道口旁的导管闭塞而引起。后天性囊肿可能由感染引起。简单的囊肿穿刺抽液或者去顶术可能导致复发。
尿道口囊肿是输尿管末端的囊性扩张，胚胎发育期输尿管与尿生殖窦之间的隔膜未吸收消退，形成输尿管口不同程度的狭窄，也可是输尿管末端纤维结构薄弱或壁间段的行径过长，过弯等因素引起，经尿流冲击后形成囊性扩张突入膀胱。
囊肿切除后休息两周左右的时间可以完全的恢复身体健康状态，切口保持干燥，不要洗澡以免感染，平时应该保持心情愉悦，饮食方面调理也是非常重要的，多吃一些应季的蔬菜和水果。
尿道口囊肿的形成，主要原因是由于病菌入侵引起。是尿道口后部两侧缘附近粘膜下组织中的尿道旁管发生感染时，其在尿道口边缘处的很小的管口阻塞，而形成尿道口旁囊肿。也可能是尿道粘膜上皮细胞团于异位增殖，其中心形成空泡，而未与尿道相通，可形成尿道囊肿。