正常的肛瘘术后恢复时间一般需要10天到2周左右。那么一般两周左右以后就可以正常的上班和生活。但是如果术前肛瘘检查为高位复杂性肛瘘，或肛瘘的瘘管有多条分支，可能术后的恢复时间需要20天到1个月左右。所以肛瘘手术后恢复时间主要是根据肛瘘术前的病情严重程度而定。
时间太早伤口恢复不好，术后一定要注意肛门周围的清洁干燥卫生，勤换洗，平时多吃些新鲜的蔬菜和水果，尤其是香蕉，尽量保持大便通畅，少吃油腻性的食物，忌食辛辣的刺激性的食物。
肛肠手术术后出现小便困难并不鲜见，大多可能系肛门伤口疼痛引起的反射性尿道内口收缩导致的，因为从解剖生理上排粪和排尿的神经会相互影响。血尿的原因恐怕跟导尿的关系比较大，这在临床上也时有发生，属导尿的并发症之一。
肛瘘多久能痊愈；手术后按时换药，平时注意卫生，勤清洗，便后清洗，一般需要2-4周可以痊愈。建立正常的膳食习惯，因肛瘘的发生与湿热有关，对于油腻饮食，可以内生湿热，所以不宜多吃。养成良好的排便习惯，每日排便后坐浴保持肛门清洁，对预防感染有积极作用。避免一直保持同样姿势，坐着工作的人每隔一小时要能走动三、四分钟。
肛瘘位于直肠肛管周围，做手术要切开或者切除，或是挂线，伤口要敞开，所以恢复起来比较慢。因为肛门每天都要排便，所以每天要坐浴，清洗伤口，需要三，四周才能够恢复。比较轻的，可能时间会再短一些，比较严重的肛瘘也要6-8周才能够恢复。