脚气临床上又称甲癣，属于真菌感染。真菌一般主要为红色毛癣菌，其次就为石膏样毛癣菌，絮状表皮癣菌。可在医生指导下外用抗真菌制剂，症状严重者可短期内口服抗真菌药。
真菌感染的灰指甲的治疗以系统用药为主，具体分析如下。
具有的药物使用情况需要根据患者的身体状况和病情等多种因素来选择不同的口服抗真菌药物。同时需要配合使用外用抗真菌药物，可以选择的药物包括阿莫罗芬擦剂。在用药后一段时间后，病情应当得到好转，如果病情未得到好转，需继续用药，并及时去医院检查病情进行针对性治疗。
灰指甲就是真菌感染引起的，因为真菌感染是发生在指甲内侧。真菌感染对灰指甲的传播是比较常见的，不过真菌是不容易从指甲里面漫出来的，另一个方面灰指甲是需要拔除指甲盖来治疗的，配合具有渗透性的药物治疗效果会比较好。
灰指甲多由红色毛癣菌、须毛癣菌、念珠菌等真菌感染引起。
当真菌进入指（趾）甲下方并开始繁殖时，会导致指（趾）甲增厚、变脆、变色（常见的是灰褐色或黄色）以及失去光泽。在某些情况下，感染还会导致指（趾）甲形状改变，变得不规则。如果不及时治疗，灰指甲可能会进一步发展，出现甲沟炎、甲床炎、嵌甲等并发症，引起疼痛和其他不适症状。
治疗灰指甲的方法主要采取局部外用抗真菌药物以及口服抗真菌药物，绝大多数患者可外用亮甲复方聚维酮碘搽剂这类外用抗真菌药，来达到杀灭真菌、抑制真菌再生的目的，改善灰指甲的症状。若病情较为严重，则可与特比萘芬等口服抗真菌药联合治疗，联合用药后的效果会比较显著。
脚气和灰指甲可能是一种真菌，这两种疾病都可以由红色毛藓菌、须藓毛藓菌小孢子菌引发。但需注意，灰指甲的皮肤癣菌范围较广，絮状表皮癣菌、念珠菌虽然可引发灰指甲，但通常不会导致脚气的出现。因此，如果患者出现了脚气和灰指甲症状，是否为同一种真菌感染导致应以医院具体检测结果为准。
对于脚气，可选用咪唑类乳膏外用治疗，有助于改善症状；对于灰指甲，首选外用抗真菌药物治疗，如亮甲牌复方聚维酮碘搽剂，能够减轻症状，杀灭甲下真菌。如果症状严重，灰指甲患者可能还需配合口服抗真菌药物联合改善。
脚气灰指甲疾病会引起脚部的脱皮症状，需要对症的抗真菌治疗，治疗时间一般是需要三周以上。一般的病人这样可见好转，但日后是否再发与平时的护理有关。本身患脚气的人对真菌就有一种易感性，若治好后不注意仍较易复发。平时注意每天换鞋，两双轮流穿，注意鞋的干燥，每天回来后放置通风处，隔天再穿。