可以根据直肠盲端距肛门皮肤的距离，采取不同的手术方式，如果直肠盲端距肛门皮肤1.5cm以下，可以进行一次性肛门成形术。或尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术等。根据类型选择不同的手术方法。
肛门闭锁的手术根据类型不同，可采取肠造瘘，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形，或会阴肛门成形术：用于膜性肛门闭锁患者，多数患儿直肠，肛管，括约肌发育正常，在正常肛门位置没有肛门的患儿。
肛门闭锁扩肛后能痊愈，患有肛门闭锁，最好及早的进行手术治疗，否则对孩子的影响也是非常大的，一般采用腹会阴肛门成形术：在会阴部和腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。或是尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术，会阴肛门成形，骶会阴肛门成形等。
先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，必须手术治疗。一般采用会阴肛门成形，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，或是腹会阴肛门成形术：在会阴部、腹部做切口，将直肠游离，从盆腔至会阴做条隧道，将直肠穿出，与会阴皮肤吻合。缺点为术后可发生大便失禁；
肛门闭锁检查费用大概是2百-4百元左右。肛门闭锁检查项目有超声波，穿刺，X线拍片等，根据类型选择不同的检查，所以费用是不能一概而论的，本手术一般要根据每个人的不同而有不同的方法，但本手术最好是在省级以上医院做最安全。
腹腔镜微创技术：应用于小儿肛门闭锁手术，可以避免瘘管残留及处理瘘管时留下金属碳夹。或腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术，腹腔镜肛门成形术。根据病情选择不同的方法。