脑干梗塞重度昏迷可能会导致严重的后果，使病人出现呼吸衰竭而死、意识不强等。需要立即送到ICU进行严密的监护和维持，并对其进行气管切开、气管插管、呼吸机辅助呼吸。在药物方面，可加强脱水，降低脑内压力，减轻脑干水肿。对符合要求的患者行消融栓塞，无溶栓的患者行微循环、促进侧支循环、抗血小板聚集等措施。可以口服纳洛酮、醒脑宁等药物，如果出现高烧，可以使用冰帽进行物理治疗。对多种复杂的疾病进行治疗，保持器官的正常运作。
在目前的医疗水平是不能恢复正常的，首先要知道脑干梗塞的主要病理变化，是在脑动脉硬化的基础上，血管内形成血栓，阻塞血流造成脑组织缺血，缺氧和坏死。等病人出现偏瘫，痴呆，甚至植物人，部分脑干梗塞和大面积脑梗塞了，是可以致命的。
脑干是大脑的中枢，是人体的呼吸循环中枢，位置非常重要脑干梗塞的恢复时间因人，因梗塞的位置面积大小而异。脑干梗死是比较危险的，距离呼吸心跳中枢比较近，目前急性期还是以稳定病情为主，稳定一般2-3周，期间要预防并发症，比如肺炎电解质紊乱。具体恢复的时间也跟患者的身体素质有关。
一般情况下，脑干梗塞昏迷有痰有办法治疗，可以通过药物治疗、日常护理等方式进行治疗。具体情况分析如下：
脑干患者出现梗塞的时候会出现昏迷、痰多的情况，这可能是肺部感染，目前还没有有效的治疗方法。通常可通过药物和护理来改善患者的症状，让患者的病情好转。治疗以脑梗为主，根据患者有痰，肺部感染等症状给予抗炎化痰治疗。在此期间要做好翻身、扣背、吸痰治疗。使用消炎化痰的药物，雾化、湿化气道，这些药物的使用都是非常重要的。脑干梗塞是临床上比较危险的一种疾病，而且患者已经出现了昏迷的症状，所以一定要对症用药。
脑干梗死严重。会累及到患者的意识，容易出现呼吸、心脏骤停甚至可危及到患者的生命。但并不是所有的脑干梗死都是非常严重的，脑干梗死的严重程度与否，与患者脑干梗死的部位、脑干梗死的面积都有密切的关系，比如延髓背外侧的梗死，容易有猝死的风险。
正常的情况下，脑干埂塞一般需要半个月到20天左右就可以恢复了。但是由于每个人的病情和恢复情况不同，所以具体的时间也是会有一定的差异。脑干梗赛的患者在平时一定要注意多休息，避免劳累，在饮食上要以清淡为主，不要吃生冷，辛辣性的食物。多吃一些容易消化有营养的食物。