慢性肾盂肾炎的治疗分为普通治疗和抗感染治疗两部分，普通治疗包括多饮水，勤排尿；若伴有发烧，应对症降温处理，并卧床休息；若有结石或者畸形存在，可以进行外科治疗。抗感染治疗，针对培养细菌，进行相应抗感染治疗。治疗以后也需要每月复查1-2次，若有复发情况发生，则继续进行治疗，直到尿细菌培养为阴性为止。
肾盂肾炎可分为急性肾盂肾炎和慢性肾盂肾炎。急性肾盂肾炎的治疗主要控制感染，慢性肾盂肾炎多数无明显临床症状，可定期监测尿常规及尿培养，药敏进行抗感染治疗。
慢性肾盂肾炎的治疗:一般治疗，注意个人卫生，摄入充足水分，定期排空膀胱，睡前排尿，可行二次排尿法。寻找复杂因素并去除，如手术解除梗阻或纠正反流等。应用抗生素治疗的原则：仅治疗有症状的细菌尿、用药之前行细菌培养并根据药敏结果选用抗生素、忌盲目使用抗生素而不注意去除复杂因素。
患了急性肾盂肾炎的治疗办法为：抗生素治疗，应选用血中浓度高的抗菌药，若能同时使用尿中浓度高的抗菌药以保持尿中无菌，即能更好的控制急性肾盂肾炎的发展。一般治疗，多饮水，勤排尿，以降低髓质渗透压，冲洗掉膀胱内的细胞，目的在于缓解症状，防止复发，减少肾实质的损害。
得急性肾盂肾炎较好的治疗方法有：一般治疗，多饮水，勤排尿，以降低髓质渗透压，冲洗掉膀胱内的细胞，目的在于缓解症状，防止复发，减少肾实质的损害。手术治疗，手术治疗肥大的前列腺，使尿路梗阻得以解除，就可以有效的治疗慢性肾盂肾炎。