主要以促排卵药物治疗、降低高雄激素血症治疗为主，卵巢内会出现小囊胚泡的情况，但是如果在非排卵期同样也在卵巢内单侧甚至双侧出现了小囊泡的存在，那么必须要及时引起重视积极治疗。
女性检查彩超发现有卵巢囊泡，如果这时正好是在排卵期，通常要考虑是卵子成熟而引起的优势卵泡。由于优势卵泡是属于生理性表现，所以在长到2.0厘米左右就会自然排出，一般不需要进行特殊治疗。如果女性是在排卵以后发现有卵巢囊泡，可能是生理性的黄体囊肿，如果还伴有明显的下腹部疼痛，也可能是盆腔炎引起的，这种情况建议患者及时去医院就诊，明确具体的原因，并在医生指导下进行治疗。
子宫囊泡要先确定子宫囊肿的性质，如果性质良好，那么可以通过中药来进行治疗，使用活血化瘀破症消滞的药物，找一位中医大夫具体辩证，这样才可以针对具体病症准确用药，气滞血瘀者，用以行气活血化瘀之法，有湿热阻滞者，用以利湿清热，这样才可药到病除。另外在治疗期间，需要定期去医院复查，以便明确疗效，必要时可行手术治疗。
前列腺小囊泡是不需要进行治疗的。比如囊泡在几毫米、半厘米左右，甚至1厘米以下，并没有发生什么特殊的症状，都不需要进行治疗。如果是特别大的囊泡，甚至导致的病人出现尿道梗阻，可以考虑进行手术治疗。
多囊卵巢综合症是引起不孕症的主要原因之一，该病是女性常见的内分泌紊乱性疾病，主要症状是闭经，月经不调，不孕等。多囊卵巢治疗有药物治疗，还有针灸治疗，穿刺治疗，腹腔镜治疗等。
如果没有什么其它的异常表现，观察3到4年，根据月经的情况判断是否正常。如果到18周岁月经仍然不正常，之后再进行卵巢超声检查和性激素六项检查，决定是否需要医学治疗。
