对于疾病一般是小手术来治，先去医院检查一下，看看疾病的严重情况。如果长在颅内蛛网膜以内的话会导致一些神经性病变，有时会抑制人的呼吸系统。还不能生气，饮食一定要清淡，不要吃得太过多。
妇女孕中、晚期查彩超时，胎儿颅内囊肿明显，此时应考虑羊水穿刺以进一步诊断囊肿性质。
若是真的羊水穿刺不正常，同时考虑到胎儿畸形的话，那么就要尽早引产来终止妊娠了，毕竟胎儿畸形生产分娩之后痊愈的可能性相对较小，并且费用也是特别大的。如胎儿颅内囊肿相对较小，羊水穿刺正常，则可考虑继续怀孕，同时追踪复查彩超观察囊肿大小改变。
颅内囊肿可以进行手术切除，彻底的治疗好的。可以去正规医院神经外科检查，然后再让医生根据情况制定一个治疗方案，可以进行囊肿剥离手术，或者囊肿引流术。或是选用放射治疗，如伽马刀治疗等。根据自己具体的囊肿部位，性质来制定治疗方案。颅内囊肿的病症虽然是属于良性的肿瘤，但会引起脑部的症状，如果其体积比较大的话，会引起脑功能的障碍，而出现相关的病症，如肢体功能障碍、语言障碍或是智力方面的问题。需要积极的治疗。
颅内囊肿如果是继发性的，脑囊肿一般指蛛网膜囊肿、皮样囊肿和上皮样囊肿。均属良性病变，也可有头疼等症状。一般药物只能对症治疗，不能消除囊肿。可定期复查对比。囊肿较大或症状较重时可手术切除。要看如果比较小，可以观察，囊肿大有压迫症状所以经常有头痛，头晕，癫痫等，是会影响学习和生活的。如果不及时治疗，会严重影响生活。比如出现颅内压增高，头痛，恶心、呕吐，会引起癫痫等，或者可能出现脑积水等。如果有明显症状和占位较大的话，需要手术治疗。
颅内囊肿跟脑瘤是不同的疾病，囊肿属于良性的占位，而脑瘤是指脑部的肿瘤。囊肿也有很多不同的类型，最常见的是蛛网膜囊肿，囊肿如果小对于身体的健康没有影响，也很少出现持续的增大。而脑瘤有良性肿瘤，也有恶性肿瘤，会出现持续的增长，甚至可以危及生命。
颅内蛛网膜囊肿，临床中大多患者不会出现任何不适，所以不需特殊处理，如果引起临床症状如头痛、恶心、呕吐、癫痫、视乳头水肿等表现，这类蛛网膜囊肿就需要去除，去除方法主要是通过手术。
