巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种，即有生长能力的子宫内膜组织出现在子宫腔以外部位，就是子宫内膜出现在一个不该出现的部位。长在卵巢上的异位症经常形成囊肿，因囊肿内的出血日积月累，变得象巧克力浆一样，所以称“巧克力囊肿”。
巧克力囊肿属于子宫内膜异位症的一种表现，简单来说就是子宫内膜异位到卵巢上，每个月随着卵巢激素的周期性变化，局部出现出血，形成血肿，血肿内的血液经过吸收后，变得较为粘稠，成巧克力汁状。
发生巧克力囊肿主要的病因是内分泌的因素，其次，分娩多次流产可引起输卵管堵塞，也是巧克力囊肿的病因之一，性生活过于频繁，也是导致巧克力囊肿的重要原因。也可能和压力过大等因素有关。
克力囊肿的本质是子宫内膜异位症，子宫内膜本来是应该只存在于子宫内，子宫内膜具有根据体内激素水平的变化周期性增殖、脱落而形成月经。但是因为某些原因，现在医学目前还不清楚，子宫内膜出现在别的地方，例如卵巢。出现在其他地方的子宫内膜也和处于子宫内的子宫内膜一样，具有周期性增殖、脱落的规律。要去正规医院进行治疗，不要耽误治疗时期。
巧克力囊肿手术后乳房痛可能是因为乳房因气滞血瘀导致的胀痛。饮食上需要注意多吃富含蛋白质、维生素的食物以外，还有其他的注意事项。月经期间的女性一定要杜绝性生活，要注意自身的保暖，避免感冒、受凉。
如果月经期脱落的子宫内膜碎片，随着经血逆流经过输卵管进入盆腔，种植在卵巢表面或盆腔其它部位形成异位囊肿，这种异位的子宫内膜也会受性激素的影响，随同月经周期反复脱落出血。如果病变发生在卵巢上，每次月经期局部都有出血，使卵巢增大形成内含有陈旧性积血的囊肿。
