如果巧克力囊肿直径小于五厘米，没有合并任何不适，可以定期的复查。如果巧克力囊肿直径大于五厘米，并且是持续存在，需要手术治疗。巧克力囊肿是一种良性病变、恶性行为，特别容易复发。
需要通过手术切除，这样才可以取得很好的效果的，因为巧克力囊肿的发生于子宫内膜移位有关系的，所以在手术后，要服用一些预防的药物，这样才可以取得很好的效果，预防复发的。如果现在囊肿已经出现，单纯的口服药物是不会有很好的效果的。
需要挂妇科。巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，平常注意一下饮食，多吃些水果蔬菜，注意多休息，不熬夜，忌食辛辣刺激性食物和过于油腻的食物，加强营养，观察平时的月经情况。
卵巢巧克力囊肿目前认为以腹腔镜确诊、手术加上药物为内异症治疗的金标准。有条件的医院，腹腔镜手术应为内异症的首选治疗方法，但腹腔镜手术的选择及效果在很大程度取决于设备、器械和手术者的经验及技巧。开腹手术可用于腹腔镜条件不具备或非常复杂的手术，如严重粘连和有多次手术史者。治疗时需要去正规大医院。
巧克力囊肿是子宫内膜异位症引起的卵巢囊肿，是妇科病，需要挂妇科号就诊的。巧克力囊肿如果超过五厘米以上，是需要考虑手术的，可以在月经干净后去医院B超检查，了解囊肿的大小，结合月经情况，有无怀孕打算来决定治疗方法。
加强营养，多吃优质蛋白、低脂饮食，少吃辛辣刺激的，适当吃一些滋补肝肾、活血通脉的食品，如黑大豆，黑芝麻，核桃，黑米，豆制品，乌鸡炖汤，黑木耳，海带等，多补充维生素，忌饮酒，忌喝碳酸饮料等。