对卵巢巧克力囊肿多主张手术治疗，手术治疗包括腹腔镜手术和开腹手术，有生育要求的年轻患者，可行囊肿剥离术加卵巢成形术，不需要生育的，行半保守手术，即全子宫切除加患侧附件切除术。
囊肿都是一个良性的疾病，一般不需要特殊的治疗，定期复查就可以了，超过五厘米的情况下，才建议手术治疗，手术可以采用微创手术，微创手术的治疗效果好，创伤小，恢复快等优点。
卵巢巧克力囊肿有效治疗方法是腹腔镜剥除术。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种病变，子宫内膜生长在子宫腔内，受女性激素影响，每月脱落一次，形成月经。卵巢巧克力囊肿是子宫内膜异位症的一种类型，随着病情的发展，病人可能会出现痛经，持续性下腹疼痛，月经失调，不孕和性交痛等。
巧克力囊肿变小的方法非常多，可通过药物治疗、物理治疗以及手术治疗等形式来进行治疗，巧克力囊肿并不是一种疑难杂症，但是一定要采用合理的方法治疗，这种疾病会对女性的生育能力产生一定的影响，所以采用合适的方法治疗，才能够避免对女性的生殖健康产生影响。
如果巧囊超过4cm，或者有严重的痛经，或者有生育能力受损，那么对于卵巢巧克力囊肿的首选治疗方式仍是手术。对于卵巢巧克力囊肿可不可以就仅仅进行观察，或者药物治疗，或者是通过穿刺吸除巧囊液。
巧克力囊肿与中医的气滞血瘀有关，与宫寒，或是湿热的炎症引起的血瘀有关，需要中医把脉或四诊辨证检查诊断，进行治疗，主要是以活血化瘀，把巧克力囊肿消散掉，或是使月经调顺，月经正常，经来不痛。