先感到肛门周围出现了一个小硬块或肿块，继而疼痛加剧，红肿发热，坠胀不适，坐卧不宁，夜不能眠，大便秘结，排尿不畅成里急后重等直肠刺激症状。并随之出现全身不适，精神疲惫乏力，体温升高，食欲减退，寒战高热等全身中毒症状。
脓肿成熟后自然破溃排脓，由于直肠内压力的变化，肠腔内的气体和液体不断地从肛内的隐窝、肛窦或乳头开口进入，使脓腔持续感染难以粘连愈合，形成肛门瘘管，或是感染沿肛窦底腺组织分支，经淋巴管向外传染，顺着括约肌各部的肌间隙蔓延，而形成脓肿。
寒战，高热，乏力，脉数等全身症状，血白细胞总数及中性粒细胞增高，局部穿刺可抽出脓液者，多位于肛提肌以上间隙，属高位肛痈，包括骨盆直肠间隙脓肿、直肠后间隙脓肿、直肠粘膜下脓肿。
克罗恩肛周脓肿的特点全身表现在体重下降，日渐消瘦。肛门周围或直肠周围脓肿。窦道和瘘管是Crohn病较常见的表现。直肠和肛门周围感染可发展成直肠脓肿、直肠阴道瘘。肛门周围和臀部可有广泛溃疡和肉芽肿性病变。
肛周脓肿初期症状主要是哭闹，接触肛门或排便时哭闹加重。随着脓肿形成，可以见到肛周红色肿块，起初肿块质硬，逐渐肿块中间变软破溃溢脓，形成肛瘘，这时患儿哭闹减少，破溃口会反复溢脓。
