肛周脓肿早期可以用抗生素来控制进一步发展，但是如果已经形成脓肿了那就不是吃药的问题了，那就需要手术治疗了。可以做肛门镜检查，以明确具体诊断，方便进一步治疗。
肛周脓肿确实是肛门周围的炎症变化，根据中医治疗需要解毒。然而，由于肛周囊肿的特殊性，单纯解毒不能解决根本问题，其最重要的治疗方法是手术治疗。因为肛周脓肿是连接肛管和肛门外部的感染病灶，而不是简单的皮肤疖。因此，治疗原则是去除肛管内外连接的所有感染病灶。临时治疗是切开并引流肛周脓肿。
该肛周脓肿主要由肠道细菌进入肛窦并扩散至肛周间隙引起的肛腺感染引起。一旦肛周脓肿形成，服药不能减轻肿胀，但需要手术治疗。一旦形成，应在医生的指导下及时进行手术，并积极进行抗感染治疗。平时，要注意肛周卫生，避免便秘，不要坐太久，养成良好的排便习惯。
表浅脓肿可选择口服抗生素来治疗。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替手术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行手术。平时注意饮食清淡，忌食辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水。
表浅脓肿可选择口服抗生素来治疗。切开排脓属于暂时性应急处理。可排出脓液，迅速减轻症状，但不能代替手术，一般约需3个月左右，待瘘管形成，内口明确，再行手术。平时注意饮食清淡，忌食辛辣刺激性食物，多吃新鲜蔬菜水果，多喝水。
肛周脓肿吃抗生素比较好。肛周脓肿是肛肠科的急重症，需及时治疗，只有很少数肛周脓肿病人用抗生素，热水坐浴及局部理疗等可以消散，但大多数都需要手术治疗，深部肛周脓肿须尽早手术。