肛瘘是肛门直肠周围脓肿的后遗疾患，脓肿破溃或切开后不能愈合，最终形成瘘管，肛瘘只能够通过手术切除瘘管、内口，到目前为止还不能以非手术的方法。其手术的原则是彻底切除瘘管、正确处理内口。
肛瘘的治疗原则是将瘘管切开，形成敞开的创面，促使愈合。肛瘘不能自愈。肛瘘的手术方式很多，手术的关键是尽量减少肛门括约肌的损伤，防止肛门失禁，同时避免肛瘘的复发。肛瘘的治疗方法分为两种：传统手术和微创手术。
肛瘘的分类法甚为复杂，目前国内外各学者都按自己对肛肠解剖的认识及临床经验提出不同的分类法，这对临床记录与统计带来了一定的困难。为此，作者根据肛肠解剖，结合近20年的临床记录并参考了国内外的分类，提出了新的分类法，并应用此法统计1，154例的临床资料，阐明肛瘘手术中发现瘘管的位置、形态、病变性质以及肛瘘术。
据肛瘘内口位置的高低分为低位肛瘘与高位肛瘘，根据肛瘘内口的多少又分为单纯性的肛瘘和复杂性肛瘘，一般对于低位单纯性肛瘘通常可以采用一次性的切除，对于高位肛瘘或者是高位复杂性肛瘘，通常采用肛瘘挂线治疗。
肛瘘是不能针灸治疗的。肛瘘是由于肛周脓肿造成的窦道，由于与外界相通，大便时会有粪便进入窦道，长期感染，经久不愈，是一种器质性病变。可以在痿官内塞药纸进行治疗。