肛指检查时，硬关节或凹陷处可能会碰到肛门的牙线，或按压瘘管时会流出脓液。在大多数情况下，内孔是隐藏的或封闭的，这需要先找到瘘管或外孔，然后通过手杖摸索。有六种方法：看，摸，探索，灌溉，照亮和切割。这些方法对不同的瘘管有不同的适用范围。有时可以找到一种方法，有时需要将几种方法配合在一起。
肛瘘的原因与肛周脓肿、肛门直肠损伤、肛裂、反复感染、会阴手术等直接相关。临床表现主要为脓肿、肿胀和疼痛，一般无全身症状。如果有感染，有许多表现，如发烧等。肛瘘需要由附近医院的肛门直肠科进一步检查。明确的诊断可以在医生的指导下考虑。拉丝疗法、外科治疗等。
肛瘘脱肛主要症状流脓，周期性发作，时有时无，脓液较少。肿痛，一般不疼，当脓液积存于管腔内引流不畅时，局部胀痛，当脓液流出后疼痛马上减轻。肿块，可在肛缘触及索条状硬块，按压轻度疼痛。瘙痒，脓液经常刺激瘘口周围皮肤，致肛门皮肤瘙痒或湿疹。
该病症状有：反复自外口流出少量脓液，污染内裤，有时脓液刺激肛周皮肤，有瘙痒感。若外口暂时封闭，脓液积存，局部呈红肿，则有胀痛，封闭的外口可再穿破，或在附近穿破形成另一新外口，如此反复发作，可形成多个外口，相互沟通。
肛瘘应积极治疗，一般常用挂线及切除的方法。术后要保持大使通畅，饮食应清淡少渣，不吃辛辣食物，可喝果子水，吃新鲜水果蔬菜。积极防止肛瘘的形成，肛门周围组织感染要及时治疗，平时注意肛门及阴部卫生。