长期不治疗会导致癌变。肛瘘初期的时候产生的危害并不大。但是时间一旦加长，将会产生很大的伤害，肛瘘如果长期不采取治疗措施就会危害到身体，甚至还有可能导致癌变的可能性。
如果出现肛瘘症状，说明痔疮或肛裂没有及时治疗。肛瘘只能通过手术治疗，没有其他方法，而且这段时间需要定期排便。平时多吃新鲜蔬菜，水果出现无食，养成良好习惯，避免便秘。
肛瘘是肛肠疾病的一种，这种疾病情况是不一样的，治疗也是要根据情况选择治疗方法的，不管用什么样的方法，目的就是出去肛瘘的病症目前，肛瘘的治疗方法是手术治疗，它可以把整个瘘管打开，以防复发。肛瘘手术分类有瘘管切开术、肛瘘切除术、挂线疗法等。
首先肛瘘需要注意清淡饮食，不要吃辛辣刺激性的食物，刺激性的食物有可能会刺激肛门影响切口生长。再有需要养成良好的排便习惯，肛瘘术后病人，每天都要排便。适当参加体育锻炼，如散步、打太极拳等，避免久坐、久站。保持肛周清洁卫生，勤沐浴、勤换内裤，每日睡前或便后温水坐浴。
严重。不尽早治疗不仅给工作和生活造成不便，而且较长病程的肛瘘还有可能会形成直肠狭窄，导致排便困难，给患者造成很大的精神负担。个别的长时间的病例还有癌变的可能性。