脚趾上长了水泡首先明确引起的原因，对症治疗，具体如下：
1.如果是真菌感染导致的，可以使用盐酸特比萘芬乳膏等药物涂抹；
2.如果是湿疹诱发的，可涂抹炉甘石洗剂缓解瘙痒症状，同时可配合使用糠酸莫米松乳膏进行治疗。
3.过敏引起可以口服氯雷他定、西替利嗪等抗过敏药物。
注意脚部卫生清洁，注意保持干燥，选择透气性好的鞋袜。
一般来讲，脚趾上水泡的消失取决于疾病的具体情况，通常具体病因有以下几种：
1.持续肢端皮炎。会有小水泡、脓泡、结痂，从黄豆到米粒不等。可以在医生指导下服用复方甘草酸苷胶囊。病情较重的患者，可以口服复方甘草酸苷注射液，外用卤米松软膏、糠酸莫米松软膏等。
2.如果患有足癣，除了脚趾上有水泡，还会出现指甲浸渍、发白的症状，可以选择使用联苯苄唑乳膏或盐酸阿莫罗芬乳膏。
考虑是脚癣，俗称脚气，这是一种真菌感染性皮肤病，具有传染性，尤其是与别人混穿鞋子的情况，发病多见于高温高湿的季节，主要表现是脱皮瘙痒，严重的出现水泡或者糜烂，建议平时少吃辛辣刺激性食物，多吃水果青菜，穿宽松透气的鞋袜。正确的方法是采用洗剂，同时注意保护创面，避免水洗和使用肥皂。
脚趾肚长了水泡常见于局部摩擦所致，炎症感染或过敏等多种原因导致的。保持局部清洁卫生。避免摩擦及挤压。不要自己擅自挑破，以免引起炎症感染或造成炎症感染加重扩散。到外科或皮肤科检查，根据实际情况消毒以后弄破水泡，并用无菌纱布包扎。
如果脚趾之间长有水泡，主要有可能是属于穿高跟鞋导致局部的皮肤挤压损伤，洗脚时要忌用碱性肥皂等刺激性的化学用品，趾缝紧密的人可用卫生纸夹在中间，以吸水通气，保持清洁，脚上长水泡忌辛辣，要忌食辣椒、生葱、生蒜等脚气药。
脚趾间长了很多小水泡是脚气，是真菌感染以后导致的，可以外用一些抗真菌的药物。平时不要用手去抓，以免症状会加重。平时要注意双足的清洁卫生，鞋子要透气性好。饮食也要注意忌口。