复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。
通常情况下，腱鞘囊肿术后有很大的几率会出现，腱鞘囊肿虽然被摘除了，但肌腱依然存在，如果长期工作，或者受到了寒冷的影响，很有可能导致肌腱鞘的生长，出现局部渗出，从而导致了腱鞘囊肿的复发。一般情况下，如果是腱鞘囊肿，一般都可以用两个大拇指挤压挤压，如果囊肿体积大、质地坚硬，则需要在医生的建议下进行外科治疗。
防止甲状舌管囊肿术后复发在手术中需要进行切开引流。
如果出现感染，应在2-3个月后进行瘘管切除，或进行甲状舌管囊肿切除。想要彻底的根治，首先要做好脓肿的切开引流，然后进行外科手术，去除甲状舌管囊肿需要将舌骨的中段和后面的肌肉和舌骨的盲孔全部切除，这样就不会再出现复发的情况了。并且患者在术后还需要做好护理工作，避免出现感染。
腱鞘囊肿手术后复发可以进行二次手术。
术后出现的肌腱鞘囊肿复发，需要进行第二次外科切除。不过，做完这台手术，疤痕粘合的情况并不好。因此，在做完这一系列的手术之后，一定要谨慎地进行分离，避免对周围的神经和血管造成的伤害，术后要多休息，避免出现反复。伤口要及时进行换药和杀菌。要做好局部护理工作，注意休息。
腱鞘囊肿手术后又复发可能需要进行二次手术。
腱鞘囊肿术后反复发作，要做好彩超、MRI等检查，以确定腱鞘囊肿与相邻关节腔有无连通。如果是相连的，则要对相邻的关节原发病灶进行治疗，防止复发，可以通过外科手术将腱鞘囊肿和腱鞘腱膜一并切除，同时进行局部电刀灼伤。如果是相邻的关节，比如手腕的连接，需要做腕关节镜检查，并进行关节滑膜清除术。
腱鞘囊肿手术后复发的症状可能是隆起鼓包。
肌腱鞘囊肿者在手术后很少再复发，如果在手术中发现伤口附近又有一个半球形隆起，则可能说明患者的腱鞘囊肿复发了。可能是囊壁不能彻底清除，残留的囊壁会重新分泌，从而导致囊肿的再生。也可能是因为手术后，由于过度的运动而产生的滑液会重新聚集，从而形成新的囊肿。如果出现反复的腱鞘囊肿，可以在初期进行压迫，但在晚期则要进行外科手术。
