吻合口瘘是胃肠吻合术后一种相对比较严重的并发症。治疗分为手术和保守治疗两种就保守治疗而言，主要就是置鼻肠营养管进行肠内营养，或同时辅以肠外营养，置滴水双套管保持吻合口瘘口局部的清洁，如果发热的话，可以使用抗生素等治疗方案，总体原则就是保证病人的营养状况从而使瘘口慢慢的愈合。
吻合口瘘需将脓液引流至体外，需给予肠内营养，需在胸腔、鼻腔以及有脓液的部位安置引流管，还需静脉输注人血清白蛋白以提高病人体质。如果膈肌裂孔周围或胸下段出现吻合口瘘，需在超声引导下经腹引流。
食管癌手术以后有可能会出现并发症，食管癌术后吻合口瘘是最常见的并发症。典型的症状包括剧烈胸痛、胸闷、喘、憋、高热等，有可能和吻合口不严密、局部供血不良等有关系，也可能和消化液刺激有关。
胃癌手术之后出现吻合口瘘，首先需要判断是什么类型的吻合，如果是胃空肠吻合，出现吻合口瘘的话，可以首先通过加强营养同时采取肠外营养，局部引流等治疗。如果通过保守治疗无效，同时出现腹膜炎的表现，则可能需要考虑再次手术治疗。
吻合口瘘常在4到9天内发生。如果一个月内没有自愈，那么治愈的可能很小了，需要进行手术治疗。如果吻合口不愈合情况，可以使用化疗药物。术后要防止感染，最好配中医中药治疗。
胃癌手术后吻合口狭窄，多因手术疤痕挛缩引起，多数可逐步恢复，严重者需要放支架撑开。在预后康复期，为了能够降低其复发率，一般建议可以选择长期吃抗肿瘤中药它有抑制肿瘤新生血管生长，诱导肿瘤细胞的凋亡及控制肿瘤细胞的进一步扩散和转移的作用。