脑积水术后会脑萎缩的。脑积水是由额叶脑脊液过多引起的，这会导致脑内压力越来越大，我们通常称之为颅内压力过大。这样会发生心室扩大，可能压迫正常脑组织，使脑组织发生病理改变。也有一些先天性疾病，先天畸形、颅内出血或感染，可导致这种疾病的发生。
一般情况下，脑部水肿的外科治疗分为两种。
一种是脑脊液的分流，它是用一条导流管道连接大脑和腹腔、胸腔或者大静脉，把剩余的脑脊液转移到其它的腔中进行吸收，弊端是术后患者需终身带管，可能出现管子堵塞、感染、脱落、断裂等情况。第二种是通过内窥镜检查脑室腔，清除堵塞部位，减少手术损伤。患者需要遵医嘱选择合适的治疗方式。
任何一场手术都是有一定的手术风险的，只是风险大与小的问题，而先天性脑积水的手术方式多采用脑脊液分流术。一般成功率是比较高的，但是术后要注意防止发生并发症，如凝血块阻塞导管，心脏内血栓形成，心内膜炎，败血症等，所以不必太过担心，并没有想象中的恐怖。
宝宝脑积水术后需积极的应用抗生素促进炎症消退，并且饮食也要主要以清淡为主，避免辛辣刺激这样有利于恢复。因为分流管的孔径小，在术中以引流管穿破大脑组织放入脑室的过程中，或是术后进行引流的过程中，可能会发生管腔堵塞的情况，脑室壁异常和腹腔壁均给以正常化治疗的方法，是治疗成功的关键。
在孕期可以进行B超的孕检。小儿有积水，主要是由于大脑的生长所致，主要是由于大脑的发育而引起的。此外，还可能伴有其它的先天性畸形，这与个体的基因及基因相关。
此外，宝宝脑积水与某些化学药品、放射、细菌感染、病毒感染等都有一定的联系，有可能导致儿童患上脑水肿。此外，脑部水肿也有严重程度的不同。如果是做B超，发现脑室增宽不会造成多大的问题，也可以通过妊娠晚期慢慢的吸收来进行修复。而且，就算不能完全康复，轻微的脑水也不会对身体造成什么伤害。但脑室增大大于1.5cm时，通常伴随着脑的生长。如果出现这样的症状，最好尽早停止怀孕，不然会对宝宝造成终身的伤害，甚至会导致脑性瘫痪。
脑积水的手术后遗症需要根据病因来判断。
脑水肿分为先天性和后天的脑水肿，如果是先天性脑水肿，及早进行手术，没有后遗症，如果是脑水肿后期，则会有功能和神经功能障碍，手术后神经功能很难修复。如果是后天性脑水早期发现脑水肿，可以通过外科治疗，没有后遗症，如果反复的治疗，则可能有智力障碍、肢体运动障碍、癫痫发作等。
患者平时应该养成定期体检的好习惯，每年或每半年一次，早睡早起，避免熬夜以及过度劳累，有利于身体恢复。