进行肛门检查，首先应当选择合适的体位，可选择膝胸位、截石位、弯腰俯卧位，有时也可以采取左侧卧位，选择合适的体位，对检查疾病有很大的帮助。首先应当进行肛门视诊，观察肛门的位置是否有异位变形等。然后观察肛门周围的皮肤及颜色，是否存在着红斑、糜烂、渗出，是否有肿物。
如果有宫颈糜烂要做宫颈检查，当然首先要去做宫颈排癌检查，做tcd检查和HPV检查。如果排除了宫颈病变，一般是宫颈炎症或者是宫颈糜烂，可以先用药治疗，药物治疗效果不好，还可以采取利普刀手术治疗或者激光手术治疗。
妇科需要做的检查基本就是直接的妇科检查和超声检查。妇科检查的内容主要是看阴道通畅度、宫颈是否光滑，有没有阴道壁红肿、分泌物增多，有没有宫颈表面囊肿、息肉等。另外还可以做双合诊，看有没有宫颈摇摆疼，有没有双侧附件区的疼痛和肿物；通过这些检查可以直观地判断阴道炎、宫颈炎、宫颈糜烂和息肉等。另外一个基本的检查就是妇科超声检查，可以看子宫的大小、形态，双侧附件区有没有肿块等。
痔疮的检查是不需要肠镜来检查的。肠镜是用来检查大肠和小肠的疾病。痔疮可以去肛肠科，肛门指诊就可以看出来。得了痔疮要多吃新鲜蔬菜水果，少吃辛辣刺激性食物，保持大便通畅。
早期肛瘘通过直肠肛门指检，可以摸到条索状的一个管道、大部分通过目测和直肠肛门指诊即可检查出来，少部分复杂或难以确诊的，做腔内超声或者是肛周超声或核磁共振进行确诊，通过直肠腔内超声，能够发现直肠肛围的脓肿、管道等。