细菌感染是用普通抗炎药治疗的，但真菌感染主要是由于抗炎药的过度使用造成的，只有杀死普通细菌后才会导致真菌感染，因为普通抗炎药对真菌无效，只有特殊的抗真菌药才能治疗真菌感染。这就是区别。细菌感染是由病原菌或条件致病菌侵入血液循环进行生长和繁殖并产生毒素和其他代谢物而引起的急性全身感染。
病情诊断。龟头炎，细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常使用碘伏消毒后，涂药物软膏。而真菌感染性龟头炎，使用碘伏消毒后，涂药物软膏进行治疗，并且性伴侣、脚癣都要进行治疗。
龟头炎，细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常使用消毒液消毒，而真菌感染性龟头炎，用消毒药水还应用一些止痒的药膏进行治疗。
真菌引起的尿道感染，也会出现尿频尿痛尿急，常伴有灼热感，跟细菌的尿道感染并没有特别区别。如果是想要排查还是需要进行相应的检查才能确定。出现尿道炎的情况，应该及时进行检查从而选择治疗方法。
脚气临床上又称甲癣，属于真菌感染。真菌一般主要为红色毛癣菌，其次就为石膏样毛癣菌，絮状表皮癣菌。可在医生指导下外用抗真菌制剂，症状严重者可短期内口服抗真菌药。
龟头细菌感染是龟头炎，如果是真菌感染就是会出现癣。细菌感染通常以化脓、渗出为主，而真菌感染，以龟头潮红、搔痒、分泌物多，清洗时包皮垢明显增多为主。细菌性龟头炎，通常消毒后，涂软膏。而真菌感染性龟头炎，消毒后，涂抗真菌软膏进行治疗。