通常情况下，阴囊皮脂腺囊肿可以通过手术治疗。
阴囊皮脂腺囊肿是一种良性病变，并不是很大，也不会对病人造成什么影响，所以可以先观察一下。如果这种情况在短期内发展得很快，可能会给局部带来压力，出现坠胀的感觉，那就需要手术切除了。阴囊皮脂腺囊肿在手术的时候，可以选择少量的病理组织进行检查，以排除恶性的可能性，但这种可能性很小。
可以通过手术的办法进行切开摘除。但是这样的囊肿都是属于良性的，如果没有什么不适的症状的，可以不用治疗，进行观察一下。药物治疗这样的病症其效果不显，就是手术治疗为宜。
皮脂腺囊肿的表现多为皮下肿物，中央有的有开口，按压或者会自行流出皮脂，多伴有臭味。但有的病人皮脂腺囊肿表面与明显开口。一般发生在背部等受压部位，皮疹会比较深，部分呈葫芦状。无压痛或者瘙痒。
一般皮脂腺囊肿不能自行消除。
皮脂腺囊肿不是因为皮脂腺的分泌管堵塞，导致其上皮中的物质不断增加而产生造成的。皮脂腺囊肿可以持续数年而不会出现明显的临床表现，但是也会出现感染、破溃、复发等情况。囊肿壁有分泌作用，可产生内含物质，若不彻底清除，则容易发生反复；当囊腔的内膜腔破溃，里面的物质流出时，很容易引起炎症。皮脂腺囊肿可以通过一些特殊的方法进行彻底的清除或者是彻底的摧毁。
通常情况下，皮脂腺囊肿不能自愈。具体情况分析如下：
皮脂腺囊肿很容易继发感染和恶变，少数患者会发生恶变，恶变的几率为1.5%，所以要积极的进行手术切除。患上皮脂腺囊肿后，通常不能自愈，建议患者积极的进行手术切除，术中注意皮脂腺开口沿阻塞处扩大，切成梭形切口，小心分离囊肿，避免再次感染。如果囊肿感染、化脓时，应切开排脓，给予抗生素治疗。