一般情况下，卵巢囊肿是可能会复发的。
卵巢囊肿的手术分为囊肿剔除术和卵巢切除术，如果患者在手术时选择的是囊肿剔除术，手术后体内有残留的囊壁，手术未切除干净，且手术后不注意护理，就可能会复发。有的患者除了患有卵巢囊肿，还合并有肾囊肿、肝囊肿，也可能会复发，且复发率可能会比较高。建议患有卵巢囊肿的患者应及时在医生指导下进行治疗，以免影响身体健康。
卵巢囊肿切除后，是容易复发的。现在目前病因并不明确，主要是卵巢组织异常增生。所以有过卵巢囊肿的人，手术切除以后还容易复发的。所以有过囊肿的人，一定改变饮食结构，减缓压力，调整作息，看一看能不能缓解。卵巢囊肿切除后一般都得做病理，看看囊肿良性恶性。所以一旦囊肿形成，切除后一定病理看看。
卵巢囊肿切除术后，应做病理切片进一步明确卵巢囊肿性质。术后应定期进行检查，因卵巢囊肿形成机理不明，卵巢排卵、卵巢组织增生则仍可再次形成卵巢囊肿。如较常见的卵巢巧克力囊肿，易复发，需通过使用口服避孕药、GnRH预防复发。
复发的问题是和医院的医疗水平有关的，月经不调是要检查原因的，治疗不调首先应该找出不调的病因。生殖内分泌轴系中各个环节都必须处于正常状态，任何一个环节出现问题那么所对应的激素水平也会有所改变。所以对于月经不调的女性必须得检查激素水平和卵巢功能。
卵巢囊肿大小直径超过五公分，首选的是手术治疗，目前选择的都是腹腔镜的微创手术。卵巢囊肿手术在，术前与病人沟通的时候，医生都会交代，卵巢囊肿术后有复发的可能性。因为是个卵巢囊肿的单纯性的切除，而不是连同卵巢一同切除，只要有卵巢存在，有靶器官存在，就有复发的可能性，因此说卵巢囊肿手术后都有复发的可能性。
卵巢囊肿是有复发可能的，手术只能把可见的巧克力囊肿剥除，但不能保证将潜伏着的很小的巧克力囊肿彻底清除。而由于手术本身具有破坏性，一定程度上又会刺激这部分残留的巧克力囊肿生长。因而术后复发率较高。