去专业正规的医院进行检查和治疗，遵医嘱用药。尽量吃清淡一点，要忌生冷和茶。个人的卫生习惯也很重要，内衣勤洗勤换。多用开水烫洗然后放在太阳底下暴晒。保证良好的作息，不要太晚睡觉。
可以口服药物治疗，如果卵巢巧克力囊肿体积比较大或者症状明显，年轻还想生育，可采取囊肿剔除手术，保留卵巢皮质，尽量减少对卵巢功能的影响。后期使用假孕或者假绝经疗法继续巩固治疗3个月-6个月。
巧克力囊肿的治疗有两种方式，一种是药物控制，效果不好。另一种是手术治疗，能够达到治疗的目的，但是需要选择合适的方式治疗，有些女性需要生育所以只能采取保守治疗方法。
巧克力囊肿晚期可以通过中医医治，中医更平和，没有副作用，平时要注意提高生活质量，减少部分的并发症，饮食上要清淡一些，不要吃过于辛辣的食物，平时还要注意休息，保持良好的心态。
中药内病外治疗法，就是采用中药制剂，通过皮肤的渗透吸收，进入内脏有病部位，达到治疗的目的。内病外治是中医更高层次的自然疗法，符合经络原理和气血藏象学说。对于卵巢囊肿来说我认为使用内病外治法效果极佳，对身体没有什么毒副作用。
主要采取药物治疗和手术治疗，其中药物治疗，保守治疗复发率相当的高，但是一般在巧克力囊肿小于5厘米的情况下，都药物治疗，因为对于身体的影响不是很大。对于有生育要求的女性，都先保守治疗。