巧克力囊肿是子宫内膜异位症中最常见的一类，巧克力囊肿随着病程的延长，囊肿内积血的不断增加，囊肿体积也随之增大。需进行手术治疗，术后出现卵巢早衰会引起潮热，失眠，脾气暴躁等不适症状。
目前没有效的药物可以好的，盆腔子宫内膜异位症，导致的巧克力囊肿。部分活血化瘀，软坚散结的中药或中成药制剂，可能会延缓，巧克力囊肿的生长速度，促进陈旧性出血的吸收，但是疗效并不确切，效果也并不理想。
两边都有聪明的囊肿。如果卵子正常，排卵正常，可以自然受孕。如果有双侧巧克力囊肿并且长期未怀孕，做腹腔镜治疗。腹腔可以疏通输卵管，治疗囊肿，二级以上公立医院都有腹腔镜检查，治疗效果良好。可以通过手术治好，也可以有孩子。
巧囊术后十五年没有复发，不会再复发，手术治疗是比较有效的治疗方式，如果在手术过程中，子宫内膜没有完全剥离，在术后一到两年也许会复发，如果在术后十五年没有复发，复发的几率会降到最低。
做了巧囊手术盆腔黏连最常见的症状是反复下腹部的疼痛，并且会在性生活和月经期的时候加重。常常是由于盆腔的慢性炎症导致渗出增多，使组织黏连，或者是由于盆腔的结核使组织黏连。
巧囊手术可以看到盆腔粘连的。所以在巧囊术后盆腔粘连如果情况严重，是需要再做一次手术治疗。在平时要多注意休息，避免熬夜，保证充足的睡眠，多开窗通风，保持室内空气流通，多喝白开水，不要感冒，不要上火，多吃新鲜的水果蔬菜。