巧克力囊肿一般术后不会复发的，配合生活方面注意就可以了。平时一定要注意休息，饮食要清淡，多喝水，多吃青菜和水果，不要吃生冷辛辣的食物，注意腹部的保暖，定期做好复查，有情况要及时去医院处理。
巧克力囊肿是属于子宫内膜异位到卵巢引起的临床表现，子宫内膜异位症是指有活性的内膜细胞种植在子宫内膜以外的位置而形成的一种女性常见妇科疾病。临床常见症状为痛经，月经异常，不孕，性交疼痛等。术后药物治疗是规范月经周期，卵巢早衰与治疗无必然关联性。
这样的病症如果是通过手术治疗之后，又复发了，应该查找其复发的原因。可以去检查一下体内的激素水平，看看是不是有这类的原因引起的，如果与此有关，就要调理自己的内分泌状态。
行经前后，注意进食过热的汤、菜，生冷食物均属禁忌。谷类、豆类、薯类作为主食，均可食用，无需避免；肥厚油腻，易于滞瘀，少食为好；清淡疏利之品较为适宜；干果不忌，可随时食用；养生行血，核桃温阳，大枣、桂圆益气养血，更为适用；家禽家畜、蛋乳、鱼鲜一般均可食用，气血虚少者用以益气养血效果较好。田螺、蛤蚌、蟹、鳖偏凉食，宜少食。过于肥厚之肉品忌食。
做完巧克力囊肿手术后又复发，可以考虑用绝经的假绝经的疗法，让她不来月经，囊肿就能好一些。或者巧克力囊肿复发了，手术以后，一定打一些针，术后好好用一些药，让不来月经，假绝经疗法，去治疗巧克力囊肿。
复发几率不大。巧克力囊肿术后人的对侧卵巢或同侧卵巢可能有新的病灶，医生又要开始重新用药，甚至有可能要面临再次手术。如果这种病人做过2-3次的手术以后，卵巢体积就会缩小，也就预示着卵巢功能会下降，将来有可能面临早绝经，或者卵巢的抗缪勒氏管激素会下降，卵巢的储备功能下降。