保守治疗无效者可采用手术治疗，主要目的是缩小鼻腔、减少鼻腔通气量、降低鼻粘膜水分蒸发和减轻粘膜干燥和结痂形成。手术方法：鼻腔外侧壁内移加固定术；前鼻孔缩小术，两侧可分期进行，约1.5年鼻粘膜基本恢复正常后重新开放前鼻孔；医用人工生物陶瓷粘骨膜下埋藏术。
严重者采用手术治疗的方法，目的是为了减小鼻腔空间体积和通气量，从而缓解黏膜干燥，常采用的手术方法有前鼻孔闭合术等，症状不太严重的患者用保守治疗的方法，每天冲洗鼻腔，用温热的盐水可起到清洁鼻腔的作用，促进鼻腔黏膜血液扩张以及循环。
清洁鼻腔：用温生理盐水或一般温盐水500～1000ml冲洗鼻腔，去除脓痂，以利于局部用药。若脓痂不易清除可用镊子轻轻钳出。手术疗法：对久治无效者可试行。目的在于使鼻腔缩小，减少空气吸入量，以降低水分蒸发，减少脓痂形成，并可刺激鼻粘膜使呈充血和分泌增加，改善症状。
萎缩性鼻炎不能治疗好，萎缩性鼻炎尚无特效疗法，宜局部和全身综合治疗，局部治疗可用无菌温热生理盐水鼻腔冲洗脓痂，另外可以采取手术治疗，平时要适当的运动锻炼，增强体质，会对于身体恢复有帮助的。
萎缩性鼻炎的治疗，局部可以使用生理盐水冲洗鼻腔，以温生理盐水为主。如果有明显的臭味，可以使用抗菌类滴鼻液，抑制细菌的生长，减少炎症的糜烂，并且有利于上皮的生长。