肾小球肾炎的治疗要针对免疫发病机制的治疗，常包括糖皮质激素及免疫抑制剂治疗。血液净化治疗如血浆置换、免疫吸附等有效清除体内自身抗体和抗原抗体复合物。针对非免疫发病机制的治疗，包括高血压、高血脂、高血糖、高尿酸血症、肥胖、蛋白尿及肾内高凝状态、肾素血管紧张素系统激活、氧化应激等治疗。
肾小球肾炎分为急性肾炎、慢性肾炎和急进性肾小球肾炎。急性肾炎多与上呼吸道感染密切相关，感染控制后，注意卧床休息、加强营养及维生素的摄入，可完全治疗。慢性肾小球肾炎无法治疗的，且缓慢进展，需长期服用药物进行治疗，延缓肾脏损害的发生。急进性肾小球肾炎多与免疫性疾病密切相关，需应用糖皮质激素及免疫抑制剂强化治疗，甚至需肾脏替代治疗，部分可治疗，部分转化为慢性肾小球肾炎。
肾小球肾炎是否能治好不能一概而论，因为肾小球肾炎分急性和慢性，急性肾小球肾炎是一种可以自己痊愈的疾病，多数病程在一个月左右，如果出现蛋白尿和高血压，对症处理就可以。
肌酐升高往往代表肾功能衰竭，肾小球肾炎引起肾衰竭。肾小球肾炎长期存在的慢性伤害肾脏，伤害肾小球最终导致肾小球硬化。急性的肾功能衰竭经过恰当的治疗是可以恢复的。如果是慢性肾衰竭那就是不可以恢复了只能够延缓发展速度。
肾小球肾炎是可以吃益生菌的。益生菌是调节肠道菌群失调的药物。如果有菌群失调的情况是可以服用的。益生菌本身并不能治疗肾小球肾炎。益生菌要遵医嘱服用，或者按说明书进行。服用时需要用凉开水送服。并要注意低温保存。
目前我国儿童肾小球肾炎发病率较低，治疗主要根据致病原因、疾病类型、病情严重程度。
目前治疗肾炎的药主要有：免疫抑制剂、抗感染药、利尿剂、降压药、降脂药、抗凝药、血小板聚集药、保肾排毒药等，医生根据患者的具体情况及化验指标变化调整药物种类和剂量。急性期患者要卧床休息，症状明显的患者卧床4-6周，血压平稳、水肿消退、肉眼血尿消失、尿常规及其他检查正常后可逐步活动。
