干扰素是一种广谱的抗病毒制剂，目前主要是用于抗病毒感染以及抗肿瘤治疗，干扰素可以参与机体的免疫调节，增强人体对于抗病毒和抗肿瘤的作用。干扰素在临床中的应用，主要是用于病毒感染性的疾病，比如乙肝、艾滋病感染和尖锐湿疣，以及生殖细胞瘤等。
一般在临床上，所谓的这种药主要是用来抗病毒治疗，它是一组具有多种功能的活性蛋白质，主要是糖蛋白，具有广谱的抗病毒，影响细胞生长以及分化，调节免疫功能等多种功效，可以用于治疗病毒性肝炎，病毒性疱疹，扁平疣，尖锐湿疣等病毒感染类疾病。
一些病毒感染性疾病需要应用干扰素进行治疗的，像尖锐湿疣的一些感染。疱疹病毒感染。带状疱疹等都可以应用药物进行治疗。同时还伴有病毒复制比较高的丙肝患者可以给与干扰素注射的。
使用干扰素抗病毒治疗，可以取得比较好的效果。甚至有一小部分可能会出现乙肝表面抗原的消失、乙肝表面抗体的产生，但此类人群比较少。对于慢性乙肝来说，干扰素的使用指征需要严格控制，一般需要优选人群，且在治疗过程中需要密切监测干扰素的不良反应。
乙肝的病毒携带者，如满足了干扰素的抗病毒治疗，应主动应用干扰素进行抗病毒治疗，但也有其不足之处，例如肝硬化失代偿期肝功能不好的患者，以及引起自身免疫有关的病症，例如甲状腺炎，自身免疫性的肝炎等。
干扰素的抗菌疗法有很大的优势，最大的优势就是可以停止使用。对于一些乙肝表面抗原呈阴性，但表面抗原含量偏低的患者，可以通过转阴来完成乙肝表面抗原的转阴，从而使乙肝病毒转阴，这个几率在30%以上，并且在转移后可以停止服用，周期比服用的护肝类的药物要快一些，大约需要一年的时间。
打干扰素治疗乙肝一般要一到两个月以后才可以看到病毒量降低。干扰素的作用相对较慢，不是直接的杀灭病毒，而是抑制乙肝病毒；所以需要有个过程。这种药物不是想用就能用的，一定要根据各项检查的结果，结合患者的年龄、性别、病史综合分析，选择恰当的治疗时机，才能达到疗效。