临床的肛瘘分多种类型，括约肌间性，经括约肌型，括约肌上型和括约肌外型，前两种常见，后两种少见而且处理困难，一般肛瘘自愈几率特别少见，几乎大部分需要手术处理，需要经外面的外口沿着瘘道把感染的内口切除，术后配合换药。
肛瘘的治疗包括药物治疗和手术治疗。药物治疗只适用于肛瘘围手术期的调理；手术治疗原则为保护肛门功能，处理内口。肛瘘位于内外括约肌附近，所以治疗中应强调弄清内口的部位与外括约肌深部的关系，以避免损伤括约肌而致肛门失禁。
这通常必须手术治疗。效果会更好。可以用热毛巾敷在腹部，顺时针方向按摩。可以选择三级以上的医院做手术。术后注意护理。每天用清水清洗肛门，用温水洗澡，注意饮食，多喝水，多吃易消化的食物，少吃刺激性食物，不要吃冷、硬、辣的食物。
肛瘘是最为常见的肛肠科疾病之一，表现为反复的红肿疼痛。肛门附近有渗出，对病人的健康造成很大的影响，多见于肛周脓肿后。可以到肛肠科就诊，诊断明确以后需要及早手术，平时多吃蔬菜水果，补充维生素，多运动，粗粮保持大便的软化，不能抽烟喝酒。
出现肛瘘要及时治疗。药物治疗是很重要的方面，比如使用洗剂坐浴或者外涂药膏进行治疗。另外可以使用中药治疗，内服之后会起到较好的疗效。除此之外手术治疗也是重要的方面，比如对于肛瘘发作期合并感染的病人可以切开引流治疗。