治疗肛门闭锁手术的费用是1万-3万元。手术的费用与孩子的自身情况有关，比如肛门闭锁的严重程度，位置都会影响价格。最好去正规医院的，这样比较放心，收费方面也比较合理的。
肛门直肠狭窄：对肛门直肠狭窄的新生儿，只需每天做持续扩肛即可。或高位锁肛：一是切开骶尾部和腹部，把直肠盲端拖至会阴做成肛门。先天性肛门闭锁是先天性肛门直肠畸形疾病之一，常见症状有出生后无胎便，或胎便排出延迟，呕吐，腹胀等完全或不完性梗阻表现。
肛门闭锁的手术根据类型不同，可采取会阴肛门成形，肠造瘘，骶会阴肛门成形，腹会阴肛门成形术，尾路肛门成形术等。如尾路肛门成形术：在会阴部做纵型切口，将游离直肠固定。
肛门闭锁是因原肛发育异常、未向内凹入形成肛管，因而直肠与外界不通，又称低位肛门直肠闭锁。可采用肛膜切开术：于会阴肛区凹陷处取前后纵切口十字切口切开肛膜，使肛门内外相通。然后扩肛至能放入示指即可。术后早期即需开始扩肛，直到排便正常为止。
由于肛门闭锁是先天直肠肛门发育不良造成的，出生后通过手术人造肛门。对中位无肛常规采用Pena手术，后矢状入路。对高位无肛盲端距肛窝距离小于3.5-4.0cm无瘘3.5cm，有瘘4.0cm采用Pena手术。本病临床表现为患儿出生后无胎粪排出，啼哭不安、呕吐、腹胀等。确诊后应早期进行手术治疗。
根据MRI的临床分类制定不同的手术方案，对中位无肛常规采用Pena手术后矢状入路，对高位无肛盲端距肛窝距离小于3.5-4.0cm无瘘3.5cm，有瘘4.0cm采用Pena手术，大于此距离采用腹腔镜辅助手术，95-98%的患儿均采用一期手术，充分利用电刺激及纤维外科技术，不仅避免了开腹的巨大创伤,而且保证了新直肠能准确通过括约肌中心，达到了最佳排便功能。